查看: 3769|回复: 51

[软件使用] KEGG Mapper——给通路上色

  [复制链接]
  • TA的每日心情

    2017.11.10 13:58
  • 签到天数: 353 天

    连续签到: 2 天

    [LV.8]以坛为家I

    管理员

    Rank: 15Rank: 15Rank: 15Rank: 15Rank: 15

    主题
    422
    奥币
    7449
    积分
    6608
    注册时间
    2015.11.23
    在线时间
    952 小时

    宣传达人优秀版主


    发表于 2016.4.8 17:38:51 | 显示全部楼层 |阅读模式
    经常我们会在差异分析后,发现如果是四个基因,有两个表达量是上调的,两个表达量下调的。我们想给上调的基因标为红色,下调的基因标为绿色,该怎么办?什么鬼!不用怕,接前之前介绍的KEGG在线工具,今天跟大家分享其他工具。

    今天我们给大家介绍一下给通路上色的KEGG Mapper工具哈~
    我们以“生物素合成酶”为例。这个基因是一种酶,其信息涵盖了pathway,Module,brite等多个层次的信息。

    当我们进行差异分析后,得到的代谢通路分析结果如下图,红色的基因为表达量上调,绿色的基因为表达量下调,那么这是如何实现批量上色的呢?


    没错,就是利用mapper 配色。
    进入页面


    KEGG mapper配置好文件
    K00652  green    # 四个目标基因有上调(红)和下调(绿)
    K00833  green
    K01935  red
    K01012  red
    C19845  purple   # 给代谢产物也标上紫色
    C01063  purple
    C01092  purple
    C01037  purple
    C01909  purple
    C00120  yellow   # 生物素标示为的黄色


    备注:只要将鼠标移动到代谢物符号的上方,就可以显示这个代谢物的ID和化学结构
    输入信息


    找到相关通路


    包含生物素代谢通路,打开看看。
    进行比较






    本帖子中包含更多资源

    您需要 登录 才可以下载或查看,没有帐号?立即注册

    x
    有问题请发贴提问
    回复

    使用道具 举报

  • TA的每日心情

    2018.3.9 10:16
  • 签到天数: 96 天

    连续签到: 1 天

    [LV.6]常住居民II

    超级版主

    Rank: 12Rank: 12Rank: 12

    主题
    18
    奥币
    2223
    积分
    1297
    注册时间
    2016.3.11
    在线时间
    162 小时

    突出贡献优秀版主荣誉管理


    发表于 2016.4.8 18:50:26 | 显示全部楼层
    赞一个,赞两个,赞三个!
    中华鲟快游过来了,哈哈
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

  • TA的每日心情

    2017.4.30 10:09
  • 签到天数: 188 天

    连续签到: 1 天

    [LV.7]常住居民III

    中华鲟

    Rank: 5Rank: 5

    主题
    7
    奥币
    1381
    积分
    623
    注册时间
    2016.1.21
    在线时间
    94 小时

    发表于 2016.4.8 22:12:01 | 显示全部楼层
    顶楼主~~~
    回复

    使用道具 举报

  • TA的每日心情

    2016.6.2 15:56
  • 签到天数: 12 天

    连续签到: 1 天

    [LV.3]偶尔看看II

    帝王蝶

    Rank: 4

    主题
    2
    奥币
    549
    积分
    208
    注册时间
    2016.3.5
    在线时间
    12 小时

    发表于 2016.4.8 23:19:17 | 显示全部楼层
    棒棒的 留着
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

  • TA的每日心情

    2017.5.4 09:33
  • 签到天数: 148 天

    连续签到: 1 天

    [LV.7]常住居民III

    中华鲟

    Rank: 5Rank: 5

    主题
    4
    奥币
    1198
    积分
    614
    注册时间
    2016.2.22
    在线时间
    109 小时

    发表于 2016.4.9 09:56:00 | 显示全部楼层
    实用贴,顶楼主
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

  • TA的每日心情

    2017.8.15 10:27
  • 签到天数: 29 天

    连续签到: 1 天

    [LV.4]偶尔看看III

    帝王蝶

    Rank: 4

    主题
    4
    奥币
    539
    积分
    270
    注册时间
    2016.4.8
    在线时间
    20 小时

    发表于 2016.4.9 12:24:49 | 显示全部楼层
    实用贴,收藏备用,多谢!
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

  • TA的每日心情

    2016.6.22 10:51
  • 签到天数: 21 天

    连续签到: 1 天

    [LV.4]偶尔看看III

    钵水母

    Rank: 3Rank: 3

    主题
    1
    奥币
    1647
    积分
    59
    注册时间
    2016.4.9
    在线时间
    11 小时

    发表于 2016.4.9 18:12:27 | 显示全部楼层
    收藏了!!!!
    回复

    使用道具 举报

  • TA的每日心情

    2016.5.30 10:06
  • 签到天数: 6 天

    连续签到: 1 天

    [LV.2]偶尔看看I

    帝王蝶

    Rank: 4

    主题
    3
    奥币
    326
    积分
    398
    注册时间
    2015.12.29
    在线时间
    46 小时

    发表于 2016.4.10 10:27:46 | 显示全部楼层
    回复

    使用道具 举报

  • TA的每日心情

    2016.11.11 15:35
  • 签到天数: 217 天

    连续签到: 4 天

    [LV.7]常住居民III

    钵水母

    Rank: 3Rank: 3

    主题
    0
    奥币
    1237
    积分
    140
    注册时间
    2016.1.10
    在线时间
    55 小时

    发表于 2016.4.10 17:27:10 | 显示全部楼层
    学习了,赞一个!
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

  • TA的每日心情

    2016.4.15 08:52
  • 签到天数: 8 天

    连续签到: 5 天

    [LV.3]偶尔看看II

    草履虫

    Rank: 2

    主题
    0
    奥币
    432
    积分
    30
    注册时间
    2016.1.19
    在线时间
    8 小时

    发表于 2016.4.11 13:50:35 | 显示全部楼层
    学习学习,
    回复

    使用道具 举报

  • TA的每日心情

    2018.1.25 14:41
  • 签到天数: 44 天

    连续签到: 1 天

    [LV.5]常住居民I

    帝王蝶

    Rank: 4

    主题
    4
    奥币
    873
    积分
    237
    注册时间
    2016.4.7
    在线时间
    25 小时

    发表于 2016.4.11 17:17:41 | 显示全部楼层
    棒棒哒,学习了
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

  • TA的每日心情
    no
    2018.11.30 22:28
  • 签到天数: 82 天

    连续签到: 1 天

    [LV.6]常住居民II

    中华鲟

    Rank: 5Rank: 5

    主题
    14
    奥币
    1645
    积分
    810
    注册时间
    2015.12.29
    在线时间
    95 小时

    发表于 2016.4.11 19:58:26 | 显示全部楼层
    拖延症患者
    回复

    使用道具 举报

  • TA的每日心情

    2016.9.20 09:12
  • 签到天数: 75 天

    连续签到: 4 天

    [LV.6]常住居民II

    钵水母

    Rank: 3Rank: 3

    主题
    3
    奥币
    749
    积分
    171
    注册时间
    2016.1.15
    在线时间
    27 小时

    发表于 2016.4.12 09:35:51 | 显示全部楼层
    楼主,配置好的文件只能是以K+……开头,不能直接用基因名称吗?比如拟南芥用AT……
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

  • TA的每日心情

    2018.6.4 13:41
  • 签到天数: 45 天

    连续签到: 1 天

    [LV.5]常住居民I

    钵水母

    Rank: 3Rank: 3

    主题
    0
    奥币
    643
    积分
    59
    注册时间
    2016.3.30
    在线时间
    27 小时

    发表于 2016.4.12 09:44:54 | 显示全部楼层
    这个挺实用
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

  • TA的每日心情

    2016.11.3 14:12
  • 签到天数: 22 天

    连续签到: 1 天

    [LV.4]偶尔看看III

    帝王蝶

    Rank: 4

    主题
    20
    奥币
    500
    积分
    422
    注册时间
    2016.3.2
    在线时间
    58 小时

    发表于 2016.4.12 09:45:58 | 显示全部楼层
    还没学到这个程度来  先标记一下
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

  • TA的每日心情

    2016.7.27 17:23
  • 签到天数: 34 天

    连续签到: 1 天

    [LV.5]常住居民I

    钵水母

    Rank: 3Rank: 3

    主题
    0
    奥币
    534
    积分
    95
    注册时间
    2016.4.1
    在线时间
    12 小时

    发表于 2016.4.12 15:17:55 | 显示全部楼层
    长知识了,kegg居然可以这样玩儿
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

  • TA的每日心情
    yes!
    2018.4.19 16:58
  • 签到天数: 8 天

    连续签到: 2 天

    [LV.3]偶尔看看II

    草履虫

    Rank: 2

    主题
    0
    奥币
    358
    积分
    8
    注册时间
    2016.4.8
    在线时间
    4 小时

    发表于 2016.4.13 11:46:54 | 显示全部楼层
    好棒,一直想找的就是这个
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

  • TA的每日心情

    2017.11.15 15:18
  • 签到天数: 94 天

    连续签到: 1 天

    [LV.6]常住居民II

    钵水母

    Rank: 3Rank: 3

    主题
    4
    奥币
    1609
    积分
    130
    注册时间
    2016.2.11
    在线时间
    58 小时

    发表于 2016.4.14 09:26:54 | 显示全部楼层
    学习了,一个知识 一个点
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

  • TA的每日心情

    2017.7.10 18:10
  • 签到天数: 67 天

    连续签到: 1 天

    [LV.6]常住居民II

    帝王蝶

    Rank: 4

    主题
    7
    奥币
    441
    积分
    297
    注册时间
    2016.4.14
    在线时间
    107 小时

    发表于 2016.4.14 18:16:06 | 显示全部楼层
    很好,学习。
    回复

    使用道具 举报

  • TA的每日心情
    吃饭
    2018.7.13 11:43
  • 签到天数: 42 天

    连续签到: 1 天

    [LV.5]常住居民I

    帝王蝶

    Rank: 4

    主题
    1
    奥币
    661
    积分
    279
    注册时间
    2015.12.29
    在线时间
    20 小时

    发表于 2016.4.17 17:02:13 | 显示全部楼层
    赞一个,虽然没怎么懂
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

    您需要登录后才可以回帖 登录 | 立即注册

    本版积分规则

    快速回复 返回顶部 返回列表