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云平台隆重推出微生物分析新工具

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  • TA的每日心情

    2017.11.10 13:58
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    [LV.8]以坛为家I

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    发表于 2017.8.14 17:40:55 | 显示全部楼层 |阅读模式
    16S或者宏基因组测序中,在有分组比较的情况下,为了研究某种因素对群落结构的影响,常常会对所有样本进行PCoA或者NMDS分析。为了获得较佳的分析效果,我们往往需要对分析进行调整。
    例如:
    1)在开始环节,对样本的变量信息(OTU、物种、功能等)进行筛选;
    2)在中间计算环节采用不同距离算法,以找出最适合的分析模型;
    3)在结果环节,挑选不同维度(坐标轴)进行组合,从而找出最能反映样本信息的结果图形。

    要实行这些调整,一般我们可以采取三种策略:
    第一,自己整理数据写代码算距离画图,但这种需要一定编程基础,对一般的科研人员来说,难度较大;
    第二,找测序公司进行分析,但问题在于沟通成本较大,周期过长,甚至还产生费用问题;
    最后一个解决方案是,找一些简单易懂的可以在windows系统下操作的软件进行分析,不需要写代码,也不费时间。

    OS tools平台PCoA/NMDS分析工具就是这么一款不需要写代码,又省事的微生物群落样本关系分析工具。

    界面解释

    登录Omicshare云平台www.omicshare.com/tools,在“所有软件”中找到PCoA和NMDS工具:


    工具位置

    1. 输入文件:

    以PCoA工具为例,点击图标进入工具之后,发现有两种形式的输入文件,一种是丰度表格,一种是样本间距离矩阵。丰度表格可以是16S、ITS等多样性分析所产生的OTU或者物种丰度表格,也可以是宏基因组分析所产生的物种或者功能(例如COG)丰度表格。如果需要进行样本或者OTU挑选等操作,可以选择输入丰度表格。如果已有Unifrac或者Bray-Curtis等多种样本距离矩阵,可选择输入距离矩阵。

    丰度表格同时支持原始数据和均一化后数据,如为原始数据,软件会自动判断并自动进行均一化,然后计算Bray-Curtis距离用于后续分析画图。

    2. 重要画图参数:

    1)分组信息
    当样本存在分组的时候,需要输入分组文件,分组名称可自由命名。如果某一样本存在多种分组信息,则需要增加分组文件。软件最多支持一个样本存在两种分组信息,分别以颜色与点性状进行区分。例如样本a同时属于健康人群组(相比于疾病组)以及男性组(相比于女性组),如果病理组用颜色区分,那性别组则以点形状区分。

    2)点大小与透明度
    当样本量较少的时候,建议选择较大的点;反之,样本量少的时候则选择较小的点,以更好的展示数据。同时提供点透明度调节,以方便用户对重叠样本进行区分展示,输入数字越大,点越大,越透明。

    具体操作(PCoA为例)

    1. 点击图标,进入工具,看到以下操作界面:



    2. 点击“丰度表格”,输入以下OTU丰度表格。



    3. 点击增加分组,输入以下两种分组文件,并命名为年龄组与病理组。


    age分组文件


    Disease分组文件



    4. 改变点大小为“5”及透明度为“0.8”。



    5. 点击“提交”

    结果解读

    在“我的任务”中查找结果,结果如下:



    1.表格:输出两个表格,一个记录样本在PCo1、PCo2等各个维度上的位置;另一个记录各维度解释结果的百分比。



    2.图形:输出PCoA图或者NMDS图,结果可以有pdf或者png等各式。结果默认输出PCo1-PCo2、PCo1-PCo3、PCo2-PCo3三种图形,以方便后续数据挑选。





    工具优势

    1. 可进行多样性的OTU和物种分析,以及宏基因组的物种或功能分析,兼容性广;
    2. 同时支持各种样本距离输入,分析灵活多样;
    3. 输出结果同时包含图形与表格,方便高水平文章研究;
    4. 图形展示不同维度组合信息,有助于数据挖掘。
                   

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    发表于 2017.8.15 11:41:20 | 显示全部楼层
    厉害了,我的哥
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  • TA的每日心情
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    发表于 2017.8.17 11:02:09 | 显示全部楼层
    咦,还是免费

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    是呀,免费使用  发表于 2017.8.17 11:08
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  • TA的每日心情

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    [LV.7]常住居民III

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    发表于 2017.11.8 16:41:01 | 显示全部楼层
    嗯,操作说明
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