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代谢组学到底是个啥?

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  • TA的每日心情

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    发表于 2016.3.17 17:50:32 | 显示全部楼层 |阅读模式
    老朋友都知道,基迪奥做基因组学与蛋白组学服务多一点,但是实际情况是,在我们搞生物学研究的时候,一种组学并不能完美的解决我们的问题。所以我们也常常建议老师,用多组学贯穿分析来做研究。





    代谢组学的定义

    代谢组学毫无疑问是研究代谢物的。理论上代谢物应包括核酸、蛋白质、脂类生物大分子以及其他小分子代谢物质。但为了有别于基因组、转录组和蛋白质组,代谢组目前只涉及相对分子质量约小于1000的小分子代谢物质。

    与基因组,转录组相比,蛋白质组学的数据更加侧重于生理学水平。能够快准狠的反映生物体的病理生理状态。




    在2010年前,代谢组学的研究的主要瓶颈是用于鉴定的代谢物种类较少,只在100种以内。但是现在研究种类到300+了,并且还在不断增加。而代谢组学相关的研究也蛮热的,如上图图,在pubmed上的数据显示,代谢组的文章上升趋势还是很明显滴。

    代谢组学的研究方法

    代谢组学的研究方法与蛋白质组学的方法类似,通常有两种方法。其一称作代谢物指纹分析,采用液相色谱-质谱联用 的方法,比较不同血样中各自的代谢产物以确定其中所有的代谢产物。另一种是代谢轮廓分析,研究人员假定了一条特定的代谢途径,并对此进行更深入的研究。

    与转录组研究一样,代谢组学研究的难度不在于数据生成,而是数据分析。这也是我们存在的意义有木有~

    代谢组学的数据分析思路

    1.描述检测代谢物种类
    2.PCA组成分分析确定代谢物在相同分组中的稳定性(即组内重复性和组间差异性)
    3.筛选差异代谢物;
    4.差异代谢物所分布的信号转导通路(PATHWAY);
    5.差异代谢物随时间或大于阶段的变化规律分析;
    6.分子标志物筛选。当然,根据不同实验目的,还有特殊的分析模式。

    随着基因组学、转录组学的发展,联合代谢物进行分析已经成为流行趋势,不仅从现象中检测出差异的代谢物,更从基因层面解释了代谢物变化的原因,反映基因层面变化,导致的代谢物变化,发高逼格的文章……(低分的文章讲的是某种生物学现象的表现研究,高分的文章则是背后的逻辑关系、机理的研究。)

    我们也解读了基因组学与代谢组贯穿研究的seminar,感兴趣的同学可以戳下面的链接看:

    有解读PPT可下载哟~

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    发表于 2016.3.23 23:44:43 | 显示全部楼层
    不错啊,这个不错
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     楼主| 发表于 2016.3.24 09:06:10 | 显示全部楼层
    496071151 发表于 2016.3.23 23:44
    不错啊,这个不错

    有用就好~

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    我倾向多组学
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    学习下O(∩_∩)O~
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    发表于 2016.5.10 16:50:20 | 显示全部楼层
    我目前把想要做的转录组学,蛋白组学,代谢组学的东西结合起来,但是确实无从下手!代谢组学除了PCA分析,还有别的分析方法了么?我的代谢组学主要做的脂代谢!四种大分子物质做了3种,就差糖代谢没去分析了!~但是感觉前路茫茫啊!
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    发表于 2016.6.14 20:33:23 | 显示全部楼层
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    发表于 2016.10.25 14:16:05 | 显示全部楼层
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