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[转录组] 一篇RNA测序文章 要会画这些图

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发表于 2016.3.16 22:24:55 | 显示全部楼层 |阅读模式
一篇RNA测序文章,你需要画哪些图?

比如我们完成RNA测序后,判断数据是否可靠,一般的文章的常用做法都有两种,①重复样本的重复性;②样本关系是否符合预期。

通常的做法是,重复样本的重复性用散点图来体现,样本关系是否符合预期用PCA聚类及热图来实现。

其实,散点图与PCA、热图可以说是生物信息分析图的老三样儿啊!
所以,画一个漂亮的散点图、热图是我们的必备技能啊啊啊啊。

比如这个散点图
(图左)重复性较差的两个重复样本,点分布较离散,相关系数较低。
(图右)重复性较好的两个重复样本,点分布集中在对角线,相关系数高

然后PCA图也是SCI必备
PCA图可以直观表现样本聚类关系(与预期是否一致),也可以发现异常样本(离群样本),必要时把离群样本舍去再做后续分析。

热图
在文章中太普遍了,所以会画热图也是一个科研人员的必备素养有木有。
颜色代表表达量高低,直观展示某类基因的整体表达模式特点

另一方面,很多老师对RNA测序的后续差异性分析有着强大需求。
但差异统计的常用图形你会画吗。

条形图
比较简单,不多说。

频率直方图
理想状态下,所有基因的差异倍数,接近标准正态分布(图左)
差异巨大的样本间或受外源RNA污染的样本,差异倍数分布可能会出现偏离(图右真是不能忍)

唯恩图

直观展示不同基因集的交集和并集。

当然还有更漂亮的维恩图
这个维恩图在基迪奥生物信息小工具网站上也有。

还有盒形图
展示若干组值(例如不同基因家族差异表达倍数)的均值,四分位数和分布情况。利用盒形图,可以直观展现某组值(某转录组因子,某些人群)的均值和分布不同于其他值。

这些图很基本,但用来发文章又很实用。那么问题来了,这些图怎么画的?我都不会啊。呵呵哒,近期我们将推出新的生物工具云平台,敬请关注~

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发表于 2016.3.17 15:47:28 | 显示全部楼层
  敬请期待
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发表于 2016.3.17 18:07:38 | 显示全部楼层
真棒,
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中华鲟

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发表于 2016.3.19 09:21:19 | 显示全部楼层
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发表于 2016.3.19 10:33:22 | 显示全部楼层
等待ing
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发表于 2016.3.21 17:07:46 | 显示全部楼层
期待ing哈。
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钵水母

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发表于 2016.3.22 13:45:23 | 显示全部楼层
研究多样性的期待ING^
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发表于 2016.3.22 15:45:32 | 显示全部楼层
听说过你们要推在线分析平台了,waiting~
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钵水母

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发表于 2016.3.24 15:43:31 | 显示全部楼层
要是有4个重复或者3个重复,要怎么看样本的重复性?
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草履虫

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发表于 2016.3.28 16:17:07 | 显示全部楼层
还有吗?
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发表于 2016.4.7 20:21:05 | 显示全部楼层
对于小白来讲太棒了
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发表于 2016.4.7 21:57:56 | 显示全部楼层
好多都没画过,别欺负我读书少
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 楼主| 发表于 2016.4.8 09:20:13 | 显示全部楼层
Isoforms 发表于 2016.4.7 21:57
好多都没画过,别欺负我读书少

哈哈,可以考虑用我们最新推出的工具平台,上面的图形都能画
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发表于 2016.4.8 09:36:32 | 显示全部楼层
gaowei1160 发表于 2016.3.24 15:43
要是有4个重复或者3个重复,要怎么看样本的重复性?

可以使用PCA的方法,看样本的聚类关系。
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中华鲟

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钵水母

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现在可以用了不?
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超级版主

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发表于 2016.4.9 16:03:27 | 显示全部楼层
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钵水母

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可怜奥币不够

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你这不是在赚奥币了吗  发表于 2016.4.12 09:10
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