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[转录组] 一篇RNA测序文章 要会画这些图

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  • TA的每日心情

    2017.11.10 13:58
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    发表于 2016.3.16 22:24:55 | 显示全部楼层 |阅读模式
    一篇RNA测序文章,你需要画哪些图?

    比如我们完成RNA测序后,判断数据是否可靠,一般的文章的常用做法都有两种,①重复样本的重复性;②样本关系是否符合预期。

    通常的做法是,重复样本的重复性用散点图来体现,样本关系是否符合预期用PCA聚类及热图来实现。

    其实,散点图与PCA、热图可以说是生物信息分析图的老三样儿啊!
    所以,画一个漂亮的散点图、热图是我们的必备技能啊啊啊啊。

    比如这个散点图
    (图左)重复性较差的两个重复样本,点分布较离散,相关系数较低。
    (图右)重复性较好的两个重复样本,点分布集中在对角线,相关系数高

    然后PCA图也是SCI必备
    PCA图可以直观表现样本聚类关系(与预期是否一致),也可以发现异常样本(离群样本),必要时把离群样本舍去再做后续分析。

    热图
    在文章中太普遍了,所以会画热图也是一个科研人员的必备素养有木有。
    颜色代表表达量高低,直观展示某类基因的整体表达模式特点

    另一方面,很多老师对RNA测序的后续差异性分析有着强大需求。
    但差异统计的常用图形你会画吗。

    条形图
    比较简单,不多说。

    频率直方图
    理想状态下,所有基因的差异倍数,接近标准正态分布(图左)
    差异巨大的样本间或受外源RNA污染的样本,差异倍数分布可能会出现偏离(图右真是不能忍)

    唯恩图

    直观展示不同基因集的交集和并集。

    当然还有更漂亮的维恩图
    这个维恩图在基迪奥生物信息小工具网站上也有。

    还有盒形图
    展示若干组值(例如不同基因家族差异表达倍数)的均值,四分位数和分布情况。利用盒形图,可以直观展现某组值(某转录组因子,某些人群)的均值和分布不同于其他值。

    这些图很基本,但用来发文章又很实用。那么问题来了,这些图怎么画的?我都不会啊。呵呵哒,近期我们将推出新的生物工具云平台,敬请关注~

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    发表于 2016.3.17 18:07:38 | 显示全部楼层
    真棒,
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    发表于 2016.3.19 09:21:19 | 显示全部楼层
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    发表于 2016.3.21 17:07:46 | 显示全部楼层
    期待ing哈。
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    发表于 2016.3.22 13:45:23 | 显示全部楼层
    研究多样性的期待ING^
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    发表于 2016.3.22 15:45:32 | 显示全部楼层
    听说过你们要推在线分析平台了,waiting~
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  • TA的每日心情

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    发表于 2016.3.24 15:43:31 | 显示全部楼层
    要是有4个重复或者3个重复,要怎么看样本的重复性?
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  • TA的每日心情

    2017.10.10 10:58
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    发表于 2016.3.28 16:17:07 | 显示全部楼层
    还有吗?
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  • TA的每日心情

    2017.5.4 09:33
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    发表于 2016.4.7 20:21:05 | 显示全部楼层
    对于小白来讲太棒了
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  • TA的每日心情

    2016.5.30 10:06
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    发表于 2016.4.7 21:57:56 | 显示全部楼层
    好多都没画过,别欺负我读书少
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  • TA的每日心情

    2017.11.10 13:58
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     楼主| 发表于 2016.4.8 09:20:13 | 显示全部楼层
    Isoforms 发表于 2016.4.7 21:57
    好多都没画过,别欺负我读书少

    哈哈,可以考虑用我们最新推出的工具平台,上面的图形都能画
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  • TA的每日心情
    忙~
    2018.4.26 09:30
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    发表于 2016.4.8 09:36:32 | 显示全部楼层
    gaowei1160 发表于 2016.3.24 15:43
    要是有4个重复或者3个重复,要怎么看样本的重复性?

    可以使用PCA的方法,看样本的聚类关系。
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  • TA的每日心情
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    发表于 2016.4.8 19:45:28 | 显示全部楼层
    现在可以用了不?
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  • TA的每日心情

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    发表于 2016.4.9 16:03:27 | 显示全部楼层
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  • TA的每日心情

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    你这不是在赚奥币了吗  发表于 2016.4.12 09:10
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