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[软件使用] 跪求GO、KEGG分析方法、流程

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钵水母

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发表于 2016.3.15 22:55:55 | 显示全部楼层 |阅读模式

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比如我想做100个差异基因的GO分析,及KEGG。该用什么软件分析,及流程
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草履虫

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发表于 2016.3.16 10:30:47 | 显示全部楼层
首先你是做模式生物还是非模式生物的,模式生物你可以去DAVID等网站做GO富集分析,植物的话可以去AgrioGO.
如果你不是做模式生物的,你首先注释你所有的基因的GO的ID,然后那你感兴趣的基因做超几何检验
我常使用的R包有GOstats。

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发表于 2016.3.16 17:35:56 | 显示全部楼层
北大开发的kobas也挺不错的,是基于序列做的
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钵水母

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发表于 2016.3.17 09:23:06 | 显示全部楼层
kobas基于基因ID也是可以做的,同时做GO和KEGG的富集
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发表于 2016.3.17 09:36:34 | 显示全部楼层
我们基迪奥的在线生物信息云工具网站也是可以做GO和KEGG富集分析的~~不需要生物信息编程基础,操作简单易懂,出来的结果丰富全面,跟我们流程跑出来结果是一模一样滴~~
马上3月底就要推出了,到时你可以自由注册使用呢~~敬请期待~~


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钵水母

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 楼主| 发表于 2016.3.17 09:52:23 | 显示全部楼层
基迪奥小师妹 发表于 2016.3.17 09:36
我们基迪奥的在线生物信息云工具网站也是可以做GO和KEGG富集分析的~~不需要生物信息编程基础,操作简单易懂 ...

赞赞赞,急求。。。。
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迅猛龙

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发表于 2016.3.17 11:06:59 | 显示全部楼层
基迪奥,你们能不能把你们的分析平台共享啊,这个很实用的
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宣传达人优秀版主


发表于 2016.3.17 15:27:53 | 显示全部楼层
496071151 发表于 2016.3.17 11:06
基迪奥,你们能不能把你们的分析平台共享啊,这个很实用的

我们的生物工具平台快推出了,再等一下下~
有问题请发贴提问
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迅猛龙

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发表于 2016.3.18 08:58:19 | 显示全部楼层
小瑶 发表于 2016.3.17 15:27
我们的生物工具平台快推出了,再等一下下~

哦,我知道你们这个平台做的挺好的,那就先等等
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发表于 2016.3.21 22:46:13 | 显示全部楼层
等等等,学学学
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钵水母

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 楼主| 发表于 2016.3.24 17:29:10 | 显示全部楼层
基迪奥小师妹 发表于 2016.3.17 09:36
我们基迪奥的在线生物信息云工具网站也是可以做GO和KEGG富集分析的~~不需要生物信息编程基础,操作简单易懂 ...

亲,你们的平台什么时候推出啊,急求
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发表于 2016.3.25 09:09:17 | 显示全部楼层
dqg 发表于 2016.3.24 17:29
亲,你们的平台什么时候推出啊,急求

三月底四月初就能推出来啦!敬请期待~~
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草履虫

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顶顶顶,非常期待~~
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发表于 2016.3.25 19:56:30 | 显示全部楼层
非常期待
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发表于 2016.3.29 23:09:15 | 显示全部楼层
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发表于 2016.4.2 19:20:32 | 显示全部楼层
panda 发表于 2016.3.16 17:35
北大开发的kobas也挺不错的,是基于序列做的

能告诉我KODAS怎么用吗
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帝王蝶

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发表于 2016.4.5 05:19:18 | 显示全部楼层
基迪奥小师妹 发表于 2016.3.25 09:09
三月底四月初就能推出来啦!敬请期待~~

4月初了,出了吗

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马上,本周啊。  发表于 2016.4.6 00:28
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发表于 2016.4.7 10:57:57 | 显示全部楼层
今晚隆重推出,敬请期待!
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钵水母

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发表于 2016.4.7 19:48:50 | 显示全部楼层
用软件KOBAS (http://kobas.cbi.pku.edu.cn/home.do) 进行KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes )代谢途径富集分析
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中华鲟

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janeolo 发表于 2016.4.7 19:48
用软件KOBAS (http://kobas.cbi.pku.edu.cn/home.do) 进行KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes ) ...

曾经尝试过,好像网站不好登陆啊
拖延症患者
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