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第12期在线交流 R语言入门——软件简介与实操【视频】

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  • TA的每日心情

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    发表于 2016.1.14 15:51:21 | 显示全部楼层
    platove 发表于 2016.1.14 15:42
    还有一个问题,ggplot画热图如何修改legend,怎么使legend表达具体的含义,比如X相关系数R2,中的2如何改为 ...

    上下标问题可以通过expression函数来实现,具体可以自己查看下帮助文档。或者百度需求更详细的解答。
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  • TA的每日心情

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    发表于 2016.1.14 15:51:28 | 显示全部楼层
    我想问你们公司分析流程中图形都是使用R语言绘制的吗?
    什么时候会给我们具体讲解用R绘图
    我的意中人是一个盖世英雄,有一天他会踩着七彩祥云来娶我……
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    发表于 2016.1.14 15:52:54 | 显示全部楼层
    huixiong2011 发表于 2016.1.14 15:43
    想要请教一下,在这个命令:fig.data= boxplot(len~supp,data=ToothGrowth,col="red") 里面,图片会自动保 ...

    并不会,boxplot返回的是一些统计值,图片会显示在图片框,需要重新保存。
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  • TA的每日心情

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    发表于 2016.1.14 15:53:08 | 显示全部楼层
    生物信息学 发表于 2016.1.14 15:40
    添加新的列: data$add = add_array
    添加新的行: data[last_index+1,] = add_array
    定义行名: rownames(d ...

    好的 我现在试试看  
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  • TA的每日心情

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    发表于 2016.1.14 15:53:50 | 显示全部楼层

    火山图就是散点图,需要做的话就是如何理解火山图的含义,理解好了就好画了,稍后可以另开一贴共享下火山图的代码。
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    发表于 2016.1.14 15:54:03 | 显示全部楼层
    生物信息学 发表于 2016.1.14 15:51
    上下标问题可以通过expression函数来实现,具体可以自己查看下帮助文档。或者百度需求更详细的解答。 ...

    谢谢 老师
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    发表于 2016.1.14 15:55:29 | 显示全部楼层
    carol 发表于 2016.1.14 15:44
    大神,我想问一下:
    绘图和统计的输入数据,都需要整理成和范例文件的格式一致吗?
    例如,boxplot(len~ dos ...

    不熟悉R语言的话,最高效的方法就是再Excel里面自己准备好,或者用其他的语言转换好。然后用R读取后直接使用。
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    发表于 2016.1.14 15:57:13 | 显示全部楼层
    本帖最后由 platove 于 2016.1.14 15:58 编辑

    KEGG富集的多因子(p值,基因数目,还有其他的哦)散点图/气泡图是怎么画的?谢谢老师
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    发表于 2016.1.14 15:58:02 | 显示全部楼层
    犬夜× 发表于 2016.1.14 15:51
    我想问你们公司分析流程中图形都是使用R语言绘制的吗?
    什么时候会给我们具体讲解用R绘图
    ...

    绘图是一门大的学问,公司分析的结果里面有一大部分是用R语言做的,也有一部分是使用其他语言绘制的。想更深入了解可以参加我们的线下培训班。
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  • TA的每日心情
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    发表于 2016.1.14 15:59:01 | 显示全部楼层
    今天是在这里交流吗?怎么没反应呀

    点评

    交流已经开始了,嘉宾正在跟帖回答大家的问题 嘉宾ID“生物信息学”  发表于 2016.1.14 16:00
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    发表于 2016.1.14 15:59:06 | 显示全部楼层
    老师您好,有一个关于heatmap的问题,在heatmap的展示的时候,通常会有一个色块的标识,有的是从负数到正数,如-5 0 5,有的是0-1.这两种方法有区别吗,我知道第一种是规一化处理后的,能否说一下后一种的原理,谢谢
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    2016.3.29 11:25
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    发表于 2016.1.14 15:59:20 | 显示全部楼层
    生物信息学 发表于 2016.1.14 15:52
    并不会,boxplot返回的是一些统计值,图片会显示在图片框,需要重新保存。
    ...

    也就是说fig.data的作用就是用来查看分析数据的?
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    2016.1.14 10:37
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    发表于 2016.1.14 15:59:26 | 显示全部楼层
    为什么R软件是免费的啊? 唉,有钱都不赚。。。

    点评

    思聪你肘开……  发表于 2016.1.14 16:08
    哥有钱,哥任性!
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    发表于 2016.1.14 16:00:46 | 显示全部楼层
    platove 发表于 2016.1.14 15:57
    KEGG富集的多因子(p值,基因数目,还有其他的哦)散点图/气泡图是怎么画的?谢谢老师
    ...

    就是散点图,只不过是填充了颜色,改变了大小,把二维的散点图添加了另外两个维度的展示。稍后也可以另开一贴共享这个代码。
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    发表于 2016.1.14 16:03:58 | 显示全部楼层
    生物信息学 发表于 2016.1.14 16:00
    就是散点图,只不过是填充了颜色,改变了大小,把二维的散点图添加了另外两个维度的展示。稍后也可以另开 ...

    好的 谢谢
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    发表于 2016.1.14 16:04:45 | 显示全部楼层
    qh2012 发表于 2016.1.14 15:59
    老师您好,有一个关于heatmap的问题,在heatmap的展示的时候,通常会有一个色块的标识,有的是从负数到正数 ...

    就是均一化的方法不同,-5,0,5这种你可以参见下zscore的方法,0,1就是(x-min(x))/(max(x)-min(x))
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    发表于 2016.1.14 16:05:20 | 显示全部楼层
    王思聪老公 发表于 2016.1.14 15:59
    为什么R软件是免费的啊? 唉,有钱都不赚。。。

    因为R语言的作者跟我一样善良

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    参与人数 2奥币 +4 收起 理由
    小圆 + 2 善良值2个奥币……
    基迪奥-周煌凯 + 2

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    发表于 2016.1.14 16:06:28 | 显示全部楼层
    生物信息学 发表于 2016.1.14 16:00
    就是散点图,只不过是填充了颜色,改变了大小,把二维的散点图添加了另外两个维度的展示。稍后也可以另开 ...

    对了 老师 顺便把go富集的条形图也讲一讲 谢谢
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    发表于 2016.1.14 16:07:11 | 显示全部楼层
    生物信息学 发表于 2016.1.14 16:05
    因为R语言的作者跟我一样善良

    不信啊( ⊙ o ⊙ )啊!    腹黑~~~
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    发表于 2016.1.14 16:08:58 | 显示全部楼层
    platove 发表于 2016.1.14 16:06
    对了 老师 顺便把go富集的条形图也讲一讲 谢谢

    就是一个条形图,Excel都可以画,当然推荐使用R语言,尤其是ggplot2,公司的图现在是用svg画的,如果你想画的跟公司一样那就有点难了。
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