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【目录】转录组分析基础:组装定量与差异分析相关课程

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关于转录组测序,我们已经做过系列的视频课堂讲解了。因为课程内容被拆分了若干个子课堂,为了便于大家学习阅读,特地将其整理为主题帖。
这个系列课程包含了转录组分析中最基础的内容,主要包括以下内容。当然,后续如果有更多内容,我们会继续添加到这个列表中。

课程内容  课程内容以及链接  备注  
1. 获得参考序列有参考基因组的物种:   下载参考基因组(NCBI下载物种的全基因组序列Ensembl 基因组下载方法)             我们一般从NCBI或ensemble下载对应物种的参考基因组
无参考基因组的物种:视频已更新 | 第18期在线交流 Trinity拼接原理与去冗余介绍没有参考基因组的物种,通常会使用Trinity对转录组进行拼接,这个课堂介绍了Trinity拼接的过程和原理
2.数据比对与基因的reads count计算 【视频】第20期OmicShare课堂:有参RNA-seq 从数据比对到reads分配 转录组数据比对到参考基因组(或参考转录本)是后续计算基因表达量的基础。这个课程介绍了:
1)Tophat + cufflinks流程,适合比对参考基因组;
2)Rsem流程:适合比对参加转录本;
3.基因表达量计算:reads的归一化第13期“基因表达量计算与差异表达分析(上)”【视频】 1)常见表达量计算方法:RPKM、FPKM、TPM的区别;
2)edgeR和Deseq这类软件对表达量进行校正的原理
4.差异表达分析第14期“基因表达量计算和差异表达分析(下)”【视频】 1)介绍了转录组数据差异分析的原理;
2)如果你的基因差异不显著,潜在原因是什么?
延展1:P value与FDR校正 第11期在线交流“谈谈RNA-seq和GWAS中的pvalue和Qvalue”【视频】 1)介绍了多重检验校正的目的和原理;
2)Q value、FDR、adjusted p value其实是一个东西,面对具体项目我们该如何选取阈值?


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中华鲟

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发表于 2016.8.6 23:14:36 | 显示全部楼层
这个还是很给力的!
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功夫熊猫

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发表于 2016.8.7 10:36:44 | 显示全部楼层
感谢周老师啊。
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版主

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突出贡献优秀版主论坛元老


发表于 2016.8.7 12:26:59 | 显示全部楼层
太棒了
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帝王蝶

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发表于 2016.8.7 14:02:24 | 显示全部楼层
很棒的总结
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钵水母

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钵水母

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发表于 2016.8.8 21:19:31 | 显示全部楼层
谢谢整理,一定会好好学习
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中华鲟

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发表于 2016.8.9 09:11:50 | 显示全部楼层
这个很好,谢谢
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中华鲟

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发表于 2016.8.9 17:56:46 | 显示全部楼层
感谢!
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帝王蝶

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中华鲟

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感谢感谢
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帝王蝶

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给力,顶~~~
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中华鲟

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太棒了
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大力支持,感谢
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帝王蝶

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钵水母

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帝王蝶

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钵水母

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帝王蝶

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