查看: 963|回复: 3

[转录组] 如何用RNA-seq的数据检测micro-RNA和lncRNA

[复制链接]
  • TA的每日心情
    害羞
    6 天前
  • 签到天数: 88 天

    连续签到: 1 天

    [LV.6]常住居民II

    钵水母

    Rank: 3Rank: 3

    主题
    7
    奥币
    1021
    积分
    151
    注册时间
    2015.12.29
    在线时间
    45 小时

    发表于 2016.1.7 09:38:35 | 显示全部楼层 |阅读模式

    马上注册,结交更多好友,享用更多功能,让你轻松玩转社区。

    您需要 登录 才可以下载或查看,没有帐号?立即注册

    x
    本人用RNA-seq找了2组间的差异表达基因,想找一下micro-RNA和lncRNA,请问哪位大神可以说一下分析micro-RNA和lncRNA的流程和所用到的软件啊?
    回复

    使用道具 举报

  • TA的每日心情

    2016.12.22 09:11
  • 签到天数: 14 天

    连续签到: 1 天

    [LV.3]偶尔看看II

    钵水母

    Rank: 3Rank: 3

    主题
    6
    奥币
    1007
    积分
    90
    注册时间
    2015.12.9
    在线时间
    37 小时

    优秀版主


    发表于 2016.1.7 17:31:52 | 显示全部楼层
    1、由于mRNA与miRNA的长度不同,RNA-seq和miRNA的建库方式不一样。因此,一般情况下,在RNA-seq数据中应该不存在miRNA的数据。

    2、而对于lncRNA而言,如果你当初的RNA-seq是基于普通文库进行建库的,而lncRNA与mRNA本身具有很高的相似性,那么分析lncRNA可能会出现比较高的假阳性;假如你当初的RNA-seq项目是基于链特异性文库的话,那么是可以分析lncRNA数据的,已知的lncRNA可以根据物种对应的gtf文件获得(比如说人),而对于lncRNA的预测,可以采用cpc和cnci两个软件。


    评分

    参与人数 1奥币 +10 收起 理由
    小瑶 + 10 斑竹热心

    查看全部评分

    回复 支持 1 反对 0

    使用道具 举报

  • TA的每日心情
    害羞
    6 天前
  • 签到天数: 88 天

    连续签到: 1 天

    [LV.6]常住居民II

    钵水母

    Rank: 3Rank: 3

    主题
    7
    奥币
    1021
    积分
    151
    注册时间
    2015.12.29
    在线时间
    45 小时

     楼主| 发表于 2016.1.26 20:16:17 | 显示全部楼层
    谢谢您的回答
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

  • TA的每日心情

    4 天前
  • 签到天数: 148 天

    连续签到: 1 天

    [LV.7]常住居民III

    钵水母

    Rank: 3Rank: 3

    主题
    1
    奥币
    839
    积分
    115
    注册时间
    2016.9.27
    在线时间
    50 小时

    发表于 2016.10.1 23:04:18 | 显示全部楼层
    灰常专业,目前还不知道CPC和CNCI,慢慢学习lncRNA中,无从下手
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

    您需要登录后才可以回帖 登录 | 立即注册

    本版积分规则

    快速回复 返回顶部 返回列表