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第21期Omicshare 课堂:文本编辑以及VIM文本编辑器的使用

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发表于 2016.7.12 14:39:13 | 显示全部楼层 |阅读模式
第21期Omicshare 课堂
文本编辑以及VIM文本编辑器的使用




    高通量测序数据的处理,非常核心的问题就是文本的处理。无论是测序产生的序列文件(ATCG)还是分析产生的大量表格数据,本质上都是文本。那么,对这些文本进行编辑贯穿于数据分析的任何阶段。尤其后期的数据挖掘,为了对数据进行编辑以及绘图,我们涉及到大量的表格拆分、合并、重排、过滤、筛选。你是否曾经面临过以下这样的问题:

1)文件的开头和结尾有空格,需要将空格去除;
2)去掉空白行;
3)在进行热图绘制前,需要去除表达量都为0的基因;
4)将一串貌似混杂的数据整理为表格;
5)将表格的某些列合并
6) 将表格某一列的内容替换为其他内容
... ...
  也许你会说,肉眼寻找+复制粘贴不是也可以吗?但如果你面对的是一个20万行的表格,你的肉眼和鼠标就无能为力了,甚至excel面对这样的文件,也会被卡得步履蹒跚。

  是否有更加高效便捷的方法?理论上,这些文本编辑操作往往要求我们掌握一些基本的编程语言,例如perl。当掌握一门编程语言需要大量时间精力。那么是否存在具有强大的编辑能力,又能较快掌握的文本编辑工具呢?

  VIM就属于这样强大的文本工具。对于window用户来说,这款软件也许不是那么熟悉。但其实这个软件在大部分Linux系统下是预装的软件。这个软件被称为程序员的标配,当然对于普通使用者来说,也依然是非常值得掌握的工具。对于初学者来讲,这个软件也许不是那么“友好”,但一旦掌握就如同为你插上一副翅膀,极大提高你对数据的编辑效率。

   本期Omicshare课堂,我们将会介绍文本编辑以及VIM文本编辑器的使用,主要包含以下三个方面的内容:
   1)文本编辑以及常用软件介绍;
   2)常用文本编辑器的比较;
   3)VIM使用入门。

   请大家阅读教程视频,有任何问题欢迎在帖子中留言。
   另外,关于VIM的使用命令,可以参考另一主题帖:
VIM中的正则表达式(转)http://www.omicshare.com/forum/thread-1172-1-12.html

交流PPT下载:
VIM软件及练习素材数据下载:链接:http://pan.baidu.com/s/1geMVl4J 密码:xm3l

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 楼主| 发表于 2016.7.12 14:56:03 | 显示全部楼层

本期交流我们已经录制了视频:

http://www.omicshare.com/class/Home/Index/singlev?id=16
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中华鲟

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发表于 2016.7.13 22:56:41 | 显示全部楼层
老师,好奇快,我在查找的时候输入:/Unigene00,我的VIM 界面并没有把所有的所有的Unigene00都显示出来啊,在MAC下要做什么调整吗?谢谢老师

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点评

按回车,就有颜色了。然后在Normal 模式下,按 N 键,会跳到下一个匹配的地方。  发表于 2016.7.13 23:25
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钵水母

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发表于 2016.7.12 16:30:42 | 显示全部楼层
不错哟
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 楼主| 发表于 2016.7.12 16:30:59 | 显示全部楼层
大家有疑问就在楼下跟帖提出啊~
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帝王蝶

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发表于 2016.7.12 16:37:29 | 显示全部楼层
我还没开始学vim
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发表于 2016.7.12 17:14:16 | 显示全部楼层
越来越贴心!!!!!!赞赞赞!!!
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发表于 2016.7.12 18:34:21 | 显示全部楼层
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发表于 2016.7.12 18:39:06 | 显示全部楼层
来就有收获,
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发表于 2016.7.12 21:46:46 | 显示全部楼层
收获很大,感谢周老师
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中华鲟

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发表于 2016.7.13 00:36:18 | 显示全部楼层
棒棒哒
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发表于 2016.7.13 09:16:39 | 显示全部楼层
来学习一下
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发表于 2016.7.13 11:18:26 | 显示全部楼层
本帖最后由 dylanmay 于 2016.7.13 11:36 编辑

不错!问个问题VIM下能否一行一行的显示文件(不自动换行)?谢谢!

搞定了
:set wrap 设置自动折行
:set nowrap 设置不自动折行
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发表于 2016.7.13 20:40:50 | 显示全部楼层
非常好,很实用的哦,但是自己要用的时候还是要认真哦
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发表于 2016.7.13 23:27:05 | 显示全部楼层
mac电脑,vim打开test1.txt文本文件,似乎读不出来中文标点符号呢,应该怎么改?谢谢
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发表于 2016.7.13 23:31:46 | 显示全部楼层
雪莲 发表于 2016.7.13 22:56
老师,好奇快,我在查找的时候输入:/Unigene00,我的VIM 界面并没有把所有的所有的Unigene00都显示出来啊, ...

按回车也没颜色呢,按N键倒是会跳到下一个匹配

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可能是苹果版的VIM比较诡异吧。  发表于 2016.7.14 14:30
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中华鲟

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学习。占座
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帝王蝶

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发表于 2016.7.14 14:09:45 | 显示全部楼层
输入“/Unigene00”,敲回车,匹配到的会高亮显示,然后按“n”跳到下一处匹配的,“N”跳到上一处匹配的
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