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jcwang 2022.2.24 10:35
请教周老师一个问题:
一组转录组数据,部分基因表达量差异不大,但在默认的归一化参数下,在图上显示为差异很大。
这种情况下如何显示转录组数据更合适?
Mrjun 2020.12.19 14:12
周老师您好,请问在确定CDS全长时,采用blastx比对时缺了某一端,那么这条序列也是不完整的嘛,能用最近的起始密码子或终止密码子代替吗?我的测序结果在线blastx比对出了两个match甚至三个,这是怎么回事呢
Pan88132 2018.10.16 15:51
周老师您好,我想问实用IGV时,我只有基因的序列fasta文件,它的注释文件可以自己根据NCBI上的信息编辑吗?
天宇 2018.8.2 11:05
周老师,请问,使用RNA-seq进行gsea富集分析时,表达值应该使用原始值还是log2转换之后的,用哪种排序算法更合适一些
405lili 2018.7.5 09:16
周老师,您好。我看您在有关BSA的帖子中说到,可以取top0.5%作为阈值.我想问问,这个有什么依据?因为我投的文章中,大修审稿人问我为什么取top0.5%.我不知道如何回答。还请周老师能给与帮助。万分感谢。
xianglihui 2018.6.4 10:08
周老师,好!我想学习怎么下载基因组的CDS,怎么在茶叶基因组里在BETA葡萄糖苷酶基因家族?
hzrapaul 2018.4.4 14:46
周老师,您好!为什么我用同样的数据运行PCA 有的时候可以出结果,更多的时候提示“There are some unknown error in your file”?
luokaikmt@163.c 2018.3.29 11:23
请教下比较转录组验证问题。谢谢。比较转录组验证,我随机挑选了二十个基因进行qPCR。然后只需要保证这20个基因的趋势和转录组一致就行吗?必须20个基因趋势全部和转录组一致吗?还是,个别不一样也能?
SHELL 2018.3.27 09:19
周老师您好,请问在用R 画LDheatmap时,我导入的基因型数据和案例明明是一样的,为何一直提示我:Error in LDheatmap(chrsnp, position, LDmeasure = "r", title = "Pairwise LD in r^2",  :
  column 1 is not a genotype object
SHELL 2018.2.1 23:18
基迪奥-周煌凯: 论坛有教程和范例文件。ped的格式,可以从网上查。
http://www.omicshare.com/forum/forum.php?mod=viewthread&tid=901&highlight=haploview ...
好的谢谢您,已解决
SHELL 2018.1.27 21:40
周老师您好,请教一个问题,请问使用haploview软件画LD plot时,我用的snp芯片数据,需要改成什么格式啊,没有教程给的例子.ped文件中如家系,父母本之分,开头六列怎么办?
小牛牛 2018.1.16 15:25
周老师您好,想向您请教一个问题,如何用R语言画出类似进化树那种聚类图(UPGMA聚类),现有芯片的基因分型数据(0/1),不用序列能不能画出来?有没有相关的包?万分感谢!
Aprilxxt 2018.1.3 21:07
周老师,您好!之前做了转录组测序,老师让做基因共表达网络图,由于样本比较少,想用HRR法来做,您看可以吗?
jimmyrice 2017.12.15 14:58
周老师,您好。我是做宁波康贝生化的,我是做探针引物的,不知道您那边是否会经常用到我们的相关产品呢,希望有机会和您那边有所合作。我们的价格和质量还是很有优势的,像国内华大等大型分子诊断试剂公司都在用我们产品。方便的话咱们可以互加下qq,我的qq是2414523634,您可以放心,我的空间从来不乱发什么广告。盼回复,祝顺利!
粽子小僵 2017.12.4 14:12
基迪奥-周煌凯: 我的推测,原来的材料分为亚群P1和p2。删除60个材料大部分属于P2的。删除后,P2的效应减弱了,所以P1内的其他分群效应又凸显出来了。
群体结构,是个相对概念, ...
非常感谢周老师的回复
粽子小僵 2017.12.1 16:21
周老师:
         您好!请教您一个问题。学生是做小麦GWAS的。再做群体结构的时候遇到一个问题,学生用323份材料做群体结构,该群体被分成2个亚群;但用255份(从323份中删除68份)材料做群体结构的时候,该群体被分成9个亚群。周老师这样的结果可靠否,原因又是什么??
期待您的回复。
王小鹿2015 2017.11.30 17:51
基迪奥-周煌凯: 上半部第一个,对应后半部的最后一个。以此类推。
多谢周老师
王小鹿2015 2017.11.30 14:27
周老师:
      您好!请问你们在做lncRNA项目返给的结果里有一项是antisense分析里面有aln格式文本,不知道第一个括号对应的是&旁边的括号还是最后一个括号呢?麻烦周老师帮忙解答,多谢!
>OS07T0658900-00
>TCONS_00052170
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粽子小僵 2017.11.13 09:20
周老师:
         您好!请教您一个问题。学生是做小麦GWAS的。再做群体结构的时候遇到一个问题,学生用323份材料做群体结构,该群体被分成2个亚群;但用255份(从323份中删除68份)材料做群体结构的时候,该群体被分成9个亚群。周老师这样的结果可靠否,原因又是什么??
期待您的回复。
soooob 2017.10.17 21:12
周老师可以帮我看看这个帖子的解决方案是什么吗?谢谢
http://www.omicshare.com/forum/forum.php?mod=viewthread&tid=2844&highlight=htseq
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