查看: 1176|回复: 12

[转录组] 无生物学重复差异分析怎么选择?

[复制链接]

帝王蝶

Rank: 4

主题
17
奥币
1347
积分
372
注册时间
2016.1.8
在线时间
104 小时

发表于 2016.6.1 11:15:27 | 显示全部楼层 |阅读模式

马上注册,结交更多好友,享用更多功能,让你轻松玩转社区。

您需要 登录 才可以下载或查看,没有帐号?立即注册

x
用DESeq2做差异分析,如果没有生物学重复怎么做?取样时间点:一对照组(0,2,24h),条件一(2,5,24,72h),条件2(0,2,5,24,72h),还有像这种取样时间该怎样选取两两做差异分析?
回复

使用道具 举报

钵水母

Rank: 3Rank: 3

主题
0
奥币
955
积分
156
注册时间
2016.5.3
在线时间
5 小时

活跃会员突出贡献论坛元老


发表于 2016.6.1 11:38:43 | 显示全部楼层

回帖奖励 +10

做差异分析,建议在单因素条件下进行,因此,对照和处理之间,要在相同的时间下进行比较。这样看来,你这个实验不满足。那么,我建议你先抛开时间的因素,把相同的处理下的样品当做生物学重复来计算样品间的相关系数,如果处理间差异较大,处理内不同时间点的差异较小,那么,就按照这个思路走下去,否则,坐等大神回复。

评分

参与人数 1奥币 +20 收起 理由
zhouqian2617 + 20

查看全部评分

回复 支持 0 反对 1

使用道具 举报

版主

Rank: 10Rank: 10Rank: 10

主题
13
奥币
3445
积分
2261
注册时间
2016.4.20
在线时间
275 小时

突出贡献优秀版主论坛元老


发表于 2016.6.1 11:58:15 | 显示全部楼层

回帖奖励 +10

这种情况不应该考虑样本两两比较
既然是时间序列应该从表达模式下入手
=================
我的建议是:
1. 所有样本两两间差异表达分析,或者根据所有样本的表达量提取CV超过某个阈值,比如0.2的基因
2. 针对上述获得的表达量矩阵,做表达模式比较,可以使用Kmeans或者STEM等工具,全部样本一起分析提取感兴趣的模式,当然最好还是对照的,挑取模式,处理的挑取模式
3. 根据生物学意义,对所有模式的基因集合进行比较分析
回复 支持 反对

使用道具 举报

中华鲟

Rank: 5Rank: 5

主题
7
奥币
1381
积分
623
注册时间
2016.1.21
在线时间
94 小时

发表于 2016.6.1 12:33:49 | 显示全部楼层

回帖奖励 +10

a) 0 2 24h 做三组内的两两比较,取差异基因并集做kmeans或者stem
b) 5 72h两者比较
c) 比较分析a b的结果
回复 支持 反对

使用道具 举报

迅猛龙

Rank: 8Rank: 8

主题
10
奥币
2967
积分
1191
注册时间
2016.4.7
在线时间
212 小时

活跃会员突出贡献论坛元老


发表于 2016.6.1 13:03:37 | 显示全部楼层
dabaouc 发表于 2016.6.1 04:33
a) 0 2 24h 做三组内的两两比较,取差异基因并集做kmeans或者stem
b) 5 72h两者比较
c) 比较分析a b的结 ...

条件1没有0啊
回复 支持 反对

使用道具 举报

管理员

Rank: 15Rank: 15Rank: 15Rank: 15Rank: 15

主题
44
奥币
3113
积分
4542
注册时间
2015.12.5
在线时间
443 小时

活跃会员论坛元老


发表于 2016.6.1 13:19:21 | 显示全部楼层
(1)Deseq2可以分析没有重复样本的差异分析;
  另外,Omishare-tools的差异分析工具本周就推出了,也可以分析无重复的样本。

(2)你的实验设计不对称,建议把一些特异的时间点数据先丢弃了,便于文章撰写和讨论
(3)后期的对样本分析,参考3楼的建议。
回复 支持 反对

使用道具 举报

帝王蝶

Rank: 4

主题
17
奥币
1347
积分
372
注册时间
2016.1.8
在线时间
104 小时

 楼主| 发表于 2016.6.1 15:50:03 | 显示全部楼层
基迪奥-周煌凯 发表于 2016.6.1 13:19
(1)Deseq2可以分析没有重复样本的差异分析;
  另外,Omishare-tools的差异分析工具本周就推出了,也可以 ...

周老师,实验数据是实验室之前的,我再确认了一下这个数据。分别是两个批次做的,第一个批次做的是处理一0,2,24h,第二批次做的是对照和处理二分别0,2,5,24,72h(0小时是共同的,只测了一个样),测序平台都是Hiseq2000。按理来说,两个批次培养到接种之后的0小时取样条件是一致的,但是做PCA分析的时候发现两个批次的0h没有聚在一起。
回复 支持 反对

使用道具 举报

帝王蝶

Rank: 4

主题
17
奥币
1347
积分
372
注册时间
2016.1.8
在线时间
104 小时

 楼主| 发表于 2016.6.1 15:58:52 | 显示全部楼层
Wuii 发表于 2016.6.1 11:58
这种情况不应该考虑样本两两比较
既然是时间序列应该从表达模式下入手
=================

谢谢,再问一下,不同批次的转录组数据能做表达模式吗?还有就是你所说的CV是什么意思?
回复 支持 反对

使用道具 举报

帝王蝶

Rank: 4

主题
17
奥币
1347
积分
372
注册时间
2016.1.8
在线时间
104 小时

 楼主| 发表于 2016.6.1 16:04:06 | 显示全部楼层
小鱼刺 发表于 2016.6.1 11:38
做差异分析,建议在单因素条件下进行,因此,对照和处理之间,要在相同的时间下进行比较。这样看来,你这个 ...

谢谢。你所说的相关系数可以用什么方法做?我做了PCA分析,它们的聚类并不是处理的聚在一起。
回复 支持 反对

使用道具 举报

版主

Rank: 10Rank: 10Rank: 10

主题
13
奥币
3445
积分
2261
注册时间
2016.4.20
在线时间
275 小时

突出贡献优秀版主论坛元老


发表于 2016.6.1 17:09:51 | 显示全部楼层
Lizd 发表于 2016.6.1 15:58
谢谢,再问一下,不同批次的转录组数据能做表达模式吗?还有就是你所说的CV是什么意思? ...

不同批次的,定然试试有批次效应的
看你的实验设计,似乎不适合做批次效应矫正
如果要进行矫正
==========
CV 变异系数
==========
请参考
R包-SVA的combat函数
回复 支持 反对

使用道具 举报

草履虫

Rank: 2

主题
0
奥币
364
积分
2
注册时间
2016.7.13
在线时间
0 小时

发表于 2016.7.13 00:05:45 | 显示全部楼层
成对数据t检验或用DESeq做成对数据检验
回复 支持 反对

使用道具 举报

帝王蝶

Rank: 4

主题
17
奥币
1347
积分
372
注册时间
2016.1.8
在线时间
104 小时

 楼主| 发表于 2016.7.13 17:01:32 | 显示全部楼层
zhangfei-123@fo 发表于 2016.7.13 00:05
成对数据t检验或用DESeq做成对数据检验

谢谢
回复 支持 反对

使用道具 举报

草履虫

Rank: 2

主题
0
奥币
239
积分
22
注册时间
2016.11.27
在线时间
20 小时

发表于 2017.1.11 22:54:50 | 显示全部楼层
@Wuii, 请问这个变异系数 应如何算出来,在DESeq2包中。
回复 支持 反对

使用道具 举报

您需要登录后才可以回帖 登录 | 立即注册

本版积分规则

快速回复 返回顶部 返回列表