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[简化基因组] 一个小疑惑

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  • TA的每日心情
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    发表于 2019.1.4 15:40:59 | 显示全部楼层 |阅读模式

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    rad下机数据clean Data 的reads数x读长100(bp)和软件samtools depth 模块计算的base数量不一致,差别还不小呢。
    难道说是samtools 深度计算只统计比对到基因组上碱基的测序深度么?

    求前辈们解惑啊,在线等!
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  • TA的每日心情
    害羞
    11 小时前
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    发表于 2019.1.10 17:09:39 | 显示全部楼层
    depth 通过bam文件计算覆盖度。bam文件就是比对结果文件。samtools计算的是基因组每个位点平均测到的reads数。当然有一些比对不到的reads了,这个要看mapping率
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