查看: 51|回复: 2

Omicshare在线课堂61期—微生物多样性文章案例的数据挖掘

[复制链接]
  • TA的每日心情
    害羞
    11 分钟前
  • 签到天数: 70 天

    连续签到: 2 天

    [LV.6]常住居民II

    管理员

    Rank: 15Rank: 15Rank: 15Rank: 15Rank: 15

    主题
    135
    奥币
    122
    积分
    2156
    注册时间
    2018.4.19
    在线时间
    416 小时

    推广达人宣传达人


    发表于 4 天前 | 显示全部楼层 |阅读模式
    我们知道,微生物多样性分析内容包含物种组成分析,alpha/beta多样性分析,功能预测,群落和环境因子的关联分析……(图1),每一部分内容都有自己独特的分析目标,各自也有丰富的可视化形式。此前的课程中,我们对各部分内容进行了详细的理论和数据挖掘的分享,属于“一招一式”的深入学习,各部分内容是独立介绍的,而最后的“华山论剑”还需要我们灵活应用,把各招式连贯起来,形成一篇SCI文章。


    图1 微生物多样性研究主要内容
    如何将独立的分析内容衔接成系统完整的文章呢?当然不能把所有的分析结果堆砌在文章中,那么,我们如何走出套路,从流程化的分析思路中,获得有价值的个性化分析结果呢?为了避免纸上谈兵,我们以具体的文章案例为背景,探讨如何将“一招一式”应用于具体实际的研究,如何将分析内容与生物学问题结合,如何将各部分分析内容相互衔接,层层深入。

    本期课程我们分享与某课题组合作的四篇文章中,关于桔小实蝇共生菌的文章(图2),以完整的案例背景,分享将各部分内容衔接连贯的思路和经验。通过剖析文章的分析目标,实验设计,我们围绕文章的生物学问题,进行Omicsmart辅助的数据挖掘过程,挑选出最有价值的结果,然后对比图形结果,选择适宜的展现形式,并将各部分分析结果有机结合,形成系统个性化的文章。

    比如,1)展现哪些物种组成的分析结果,门?纲?目?差异物种?2)如何展现,堆叠图?热图?盒型图?3)结合beta多样性分析可以得出哪些与生物问题相关的结论?……


    图2 桔小实蝇共生菌文章标题

    本期课程主要内容目录

    1 背景介绍
    微生物多样性研究
    背景案例
    背景、实验设计、研究思路
    2 数据分析
    2.1 alpha多样性分析
    2.2 物种组成分析
    2.3 beta多样性分析
    2.4 功能预测
    3 功能拓展
    4 经验总结

    感兴趣的老师同学可以点击 (这里 ) 报名
    时间:2018年12月13日(星期四),下午4点
    主讲人:基迪奥 小鱼儿

    云平台Omicsmart Metagenome板块可以满足微生物多样性分析丰富的数据探索需求,具有动态交互和图形美化的强大功能,欢迎大家登陆云平台账号体验!

    本文作者:基迪奥小鱼儿

    本帖子中包含更多资源

    您需要 登录 才可以下载或查看,没有帐号?立即注册

    x
    回复

    使用道具 举报

  • TA的每日心情
    害羞
    5 小时前
  • 签到天数: 390 天

    连续签到: 2 天

    [LV.9]以坛为家II

    中华鲟

    Rank: 5Rank: 5

    主题
    15
    奥币
    1583
    积分
    817
    注册时间
    2016.1.8
    在线时间
    198 小时

    发表于 4 天前 | 显示全部楼层
    先签到,后点赞,每天必备姿势哦
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

  • TA的每日心情
    害羞
    11 分钟前
  • 签到天数: 70 天

    连续签到: 2 天

    [LV.6]常住居民II

    管理员

    Rank: 15Rank: 15Rank: 15Rank: 15Rank: 15

    主题
    135
    奥币
    122
    积分
    2156
    注册时间
    2018.4.19
    在线时间
    416 小时

    推广达人宣传达人


     楼主| 发表于 4 天前 | 显示全部楼层
    platove 发表于 2018.12.7 09:53
    先签到,后点赞,每天必备姿势哦

    优秀
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

    您需要登录后才可以回帖 登录 | 立即注册

    本版积分规则

    快速回复 返回顶部 返回列表