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[多样性测序] tn-seq求助

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发表于 2018.11.22 19:26:39 | 显示全部楼层 |阅读模式

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本帖最后由 dehong1573 于 2018.11.22 20:40 编辑

有没有大神做过tn-seq(转座子插入测序)?突变体库基因组经过文库酶切-加接头-PCR之后获得了120bp的混合序列,两端序列分别为:CAA GCA GAA GAC GGC ATA CGA AGA CCG GGG ACT TAT CAT CCA ACC TGT 和 AAT GAT ACG GCG ACC ACC GAG ATC TAC ACT CTT TCC CTA CAC GAC GCT CTT CCG ATCT,文献报道(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4568079/)该序列即可通过hiseq2500测序(相当于自建库),以确定序列中间变异20bp的多样性,从而突变体库中各插入位点的丰度。可咨询很多测序公司(包括基迪奥),都表示测不了。各位大神有好的建议不,万分感谢
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    发表于 2018.11.28 09:52:59 | 显示全部楼层
    估计测不是难题(难点在引物),后面分析的内容不知道会不会很麻烦。
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    发表于 2018.12.1 09:08:30 | 显示全部楼层
    可以测啊。你有多少样本,这种个性化的需求,样本太少了话,测序公司不爱接而已。
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     楼主| 发表于 2018.12.2 09:43:00 | 显示全部楼层
    基迪奥-周煌凯 发表于 2018.12.1 09:08
    可以测啊。你有多少样本,这种个性化的需求,样本太少了话,测序公司不爱接而已。 ...

    1.序列包含P5-P7的锚定序列和测序序列,但是另一端只包含P7-P5的锚定序列,而不包含测序序列,且没有和其他客户区分的index;
    2. 包lane可以不需要index,但由于只包含一段测序序列会导致测序报错(测序公司给我的解释),所以只能包整块cell;
    3. 不知是否确实如此,包lane测序的成本可以接受,包cell的成本就太高了;
    4. 实在不行就考虑改变序列,以完全符合常用试剂盒建库的建库后的序列。
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    发表于 2018.12.3 14:11:47 | 显示全部楼层
    dehong1573 发表于 2018.12.2 09:43
    1.序列包含P5-P7的锚定序列和测序序列,但是另一端只包含P7-P5的锚定序列,而不包含测序序列,且没有和其 ...

    你都自建库了,又不符合测序公司的接头体系,那只能Xten包lane了。
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