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[smallRNA] 环状RNA从路人到“网红”的逆袭之路

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  • TA的每日心情

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    发表于 2016.4.12 16:58:28 | 显示全部楼层 |阅读模式
    今天周老师就跟大家分享一下最近的“网络红人”环状RNA噢,要知道从路人到网红不是谁都可以的~

    什么是环状RNA?怎么产生?


    环状RNA的发现

    环状RNA在30年前就已经在电子显微镜中被发现,之后一直都有陆续报道。但环状RNA毫无存在感,连个路人都称不上哈,因为他的表达丰度很低,很多人觉得他是转录的噪音,并没什么卵用。直到一个女学霸出现了……

    直到2012年,duang一下,一篇环状RNA比较全面靠谱的报道出来了,居然来自《plos one》。


    作者是斯坦福大学的Julia Salzman,长这样,是不是一副女学霸的样子(我们真的没有歧视女学霸


    这位女学霸最初应该只是想利用RNA-seq研究癌症相关的染色体重排或基因融合,无意中发现了环状RNA不但在癌细胞样本中存在,而且在人正常细胞系、小鼠脑组织中也大量存在,而且表达丰度还不低。

    估计他们在2011年的《plos Biology》研究卵巢癌基因融合的一篇文章“ESRRA-C11orf20 is a Recurrent Gene Fusion in Serous Ovarian Carcinoma”中,已经发现了环状RNA的存在了,只是没吭声而已。(其实我们是觉得这太巧合了,于是周老师就扒了一下这位女学霸之前发表的文章,呵呵哒~)

    然后他们整理整理,只是将基础数据于2012年发表在了plos one上。可能是担心同行竞争,先抢先发一篇,有点便宜plos one。看来plos one也并非没有好文章嘛(但2015年plos one的影响因子又降了)。

    从这以后,环状RNA总算是红了,相关文章也多了起来.


    当然, 女学霸他们也没有停下来。他们将数据范围扩大了一下,分析了ENCODE的数据,还分析了小鼠和果蝇的数据。发现circle RNA果然普遍存在,环状RNA在细胞中的总量约占线性RNA的1%。部分环状RNA的丰度还不低,超过了对应等位基因位点的线性RNA。这个结果在2013年发表在了《plos genetic》(IF:7.528)上(看来他们还是非常钟情plos 系列嘛)。

    然后我们再来看看环状RNA的稳定性

    由于环状RNA可以抵抗核酸外切酶的降解作用,所以:
    细胞内比较稳定,half time > 48h
    但在血清中非常不稳定,half time 大概只有15s;


    环状RNA生物学功能

    最常见的可能机制:竞争性内源RNA——ceRNA。

    2013年,《nature》同时有两个团队报道,环状RNA可以结合吸附miR-7(micro RNA),从而降低miR-7的活性,间接上调miR-7相关靶基因的表达。由于环状RNA的稳定性(环状不易降解),在机体内潜在对microRNA的吸附能力要强于线性的mRNA和lncRNA。

    在其中一篇报道中表明,环状RNA——CDR1as对miR-7的吸附能力要10倍于其他任何线性转录本。


    环状RNA存在的普遍性

    物种:动植物,细菌,真菌,病毒中都存在。
    高通量测序研究物种有人,小鼠,大鼠,线虫以及一些植物。
    各类细胞系和组织:白细胞,成纤维细胞等有存在环状RNA。

    也正是因为环状RNA的普遍性及结构功能,很多老师开始关注环状RNA研究。尤其是现在二代测序技术越来越成熟的情况下,目测未来将有一个环状RNA的研究浪潮~呵呵哒~大家可以关注一下噢

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    发表于 2016.4.12 19:04:10 | 显示全部楼层
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  • TA的每日心情
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    学下新东西
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    发表于 2016.4.14 00:25:24 | 显示全部楼层
    的确是屌丝的逆袭

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    哈哈  发表于 2016.4.14 09:28
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    发表于 2016.4.14 15:27:42 | 显示全部楼层
    当时看相关的文献,就被环状RNA的引物设计方法点亮了
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  • TA的每日心情

    2017.11.14 16:30
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    发表于 2016.4.19 02:35:55 | 显示全部楼层
    学习受教了
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  • TA的每日心情

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    发表于 2016.5.26 16:13:09 | 显示全部楼层
    环状rna引物设计和线性的有什么不同呢
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