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[转录组] 非模式生物怎么找基因组注释的GO id文件

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    我是做林木的,虽然物种已经测了基因组,但是不知道怎么找GO注释的文件。
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    发表于 2018.3.21 17:04:06 | 显示全部楼层
    一楼正解,自己注释啊!还有就是,可以根据基因组注释的结果,寻找相应的IDmapping文件,再进行注释

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     楼主| 发表于 2018.3.21 18:48:16 | 显示全部楼层
    一茶道人 发表于 2018.3.21 17:04
    一楼正解,自己注释啊!还有就是,可以根据基因组注释的结果,寻找相应的IDmapping文件,再进行注释 ...

    我在R中,找到了物种对应的orgdb,里面有所有基因的GO等等注释的信息。但是R玩的不6,不会下载。
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    好棒
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    发表于 2018.3.22 17:21:10 | 显示全部楼层
    学习了,谢谢各位分享问题!
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    发表于 2018.3.22 21:52:42 | 显示全部楼层
    给我自己顶一发。。
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  • TA的每日心情

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    发表于 2018.3.24 22:18:46 | 显示全部楼层
    南岸微风 发表于 2018.3.21 18:48
    我在R中,找到了物种对应的orgdb,里面有所有基因的GO等等注释的信息。但是R玩的不6,不会下载。 ...

    学啊,AnnotationHub耍起来
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    发表于 2018.3.27 21:52:28 | 显示全部楼层
    有orgdb的话用Org.Hs.eg.db这个包可以做GO和KEGG注释,教程:https://www.cnblogs.com/yatouhetademao/p/6817824.html
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     楼主| 发表于 2018.3.28 08:16:41 | 显示全部楼层
    ygyxl 发表于 2018.3.27 21:52
    有orgdb的话用Org.Hs.eg.db这个包可以做GO和KEGG注释,教程:https://www.cnblogs.com/yatouhetademao/p/68 ...

    谢谢,已经解决了。
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  • TA的每日心情

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    发表于 2019.3.10 22:22:13 | 显示全部楼层
    南岸微风 发表于 2018.3.21 18:48
    我在R中,找到了物种对应的orgdb,里面有所有基因的GO等等注释的信息。但是R玩的不6,不会下载。 ...

    怎么样查找数据库中有哪些物种,比如我想查黄豆,泥鳅?
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     楼主| 发表于 2019.3.16 19:33:50 | 显示全部楼层
    hfzou 发表于 2019.3.10 22:22
    怎么样查找数据库中有哪些物种,比如我想查黄豆,泥鳅?

    require(AnnotationHub)
    hub<- AnnotationHub()
    query(hub, "拉丁名")
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  • TA的每日心情

    4 天前
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    发表于 2019.4.13 17:35:48 | 显示全部楼层
    通过楼上方法找到了  需要的数据库

    但是发现 自己做的这个非模式生物,很多差异的基因 没有对应得go,是直接运行 clusterprofile 还是 blast2go?

    谢谢。

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    278        109636775        GO:0005634
    279        109636775        GO:0003700
    280        109636775        GO:0044212
    281        109636775        GO:0006351
    282        109636953        NA
    283        109637185        GO:0005576
    284        109637185        GO:0005179
    285        109637277        NA
    286        109637322        NA
    287        109637359        NA
    288        109637451        NA
    289        109637631        NA
    290        109637639        NA
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    293        109638002        NA
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    296        109638510        NA
    297        109638541        NA
    298        109638621        NA
    299        109639042        GO:0005524
    300        109639042        GO:0004386
    301        109639042        GO:0003676
    302        109639235        GO:0016021
    303        109639235        GO:0005886
    304        109639235        GO:0004999
    305        109639235        GO:0007166
    306        109639332        NA
    307        109639418        NA
    308        109639479        NA
    309        109639504        NA
    310        109639553        GO:0005524
    311        109639553        GO:0003677
    312        109639553        GO:0004525
    313        109639553        GO:0003723
    314        109639553        GO:0031047
    315        109639553        GO:0006396
    316        109639577        NA
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    319        109640068        NA
    320        109640088        NA
    321        109640248        GO:0005634
    322        109640248        GO:0003677
    323        109640248        GO:0006355
    324        109640285        NA
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    327        109640297        GO:0006952
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    330        109640476        NA
    331        109640508        NA
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     楼主| 发表于 2019.4.14 19:47:03 | 显示全部楼层
    hfzou 发表于 2019.4.13 17:35
    通过楼上方法找到了  需要的数据库

    但是发现 自己做的这个非模式生物,很多差异的基因 没有对应得go,是直 ...

    如果太少的话,可能会富集不到,就要自己跑blast2go了。
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    南岸微风 发表于 2019.4.14 19:47
    如果太少的话,可能会富集不到,就要自己跑blast2go了。

    blast2go ,试了一下, 比较麻烦,看来要费好大的功夫学习。 自己在网上租了个服务器。
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