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第15期在线交流“本地Blast的使用方法”【视频】

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发表于 2016.3.24 14:55:04 | 显示全部楼层 |阅读模式

第15期在线交流 本地Blast的使用方法

Blast是生物信息学中常用的工具,是一种序列比对的快速工具。比如转录组denovo的研究往往是关于一些基因信息未知的物种。那么很多基因的功能需要根据已知的信息来推断,比如模式生物中的同源基因的功能。那么我们又如何在转录组结果中的基因列表中,找到某类关心的基因?



其实这些都可以通过blast来实现。Blast又包括在线blast与本地blast,这次在线交流我们主要讲解本地blast的使用。

在线交流主要内容:
1)Blast简介
2)本地Blast 方法的意义
3)操作步骤(简单讲解)
   Blast基本过程,基本命令格式,常用命令参数,配置文件
4)上机操作
软件下载,程序安装,生成目录, 配置数据库等

本次在线交流将提前录制视频供大家学习,然后嘉宾集中线上答疑的形式。

交流时间:2016年3月30日晚上8点-9点

交流地点:基迪奥生物信息交流群①群67185986  ②群425346734
                 两个群同时进行,大家只要加入其中一个群即可

交流嘉宾:群里公布 敬请期待


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 楼主| 发表于 2016.3.24 14:56:10 | 显示全部楼层

本次在线交流的PPT下载:



PPT讲解视频:

http://www.omicshare.com/class/Home/Index/singlev?id=10

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 楼主| 发表于 2016.3.24 14:56:20 | 显示全部楼层

嘉宾实操案例中使用到的2个文件:




本地Blast实操视频:


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 楼主| 发表于 2016.3.28 15:58:05 | 显示全部楼层
小圆占楼,此处发问答整理~

点评

老师您好!请问,Evalue值的设置有什么标准可循码?  发表于 2016.10.1 12:33
事在人为~
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发表于 2016.3.28 16:10:06 | 显示全部楼层
棒棒的,在学习
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发表于 2016.3.28 17:42:35 | 显示全部楼层
很好,很实用!
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发表于 2016.3.29 22:09:28 | 显示全部楼层
明了实用,非常棒棒
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草履虫

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发表于 2016.3.30 11:17:40 | 显示全部楼层
搬个沙发看视频,好!
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发表于 2016.3.30 15:14:27 | 显示全部楼层
一定要赶上进度,补充营养,又吃成长快乐了
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钵水母

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发表于 2016.3.30 20:23:13 | 显示全部楼层
为什么我下载下来的这个文件是空的?“PF-Unigene.fa”
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草履虫

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发表于 2016.3.30 21:21:13 | 显示全部楼层
按照操作步骤一步步来的,比对之后没有结果啊,result_n.txt点开是空白。


点评

在这个案例中,blastn(核酸和核酸),结果中的确没有同源蛋白。你换tblastx(翻译为蛋白后比对,才有结果)  发表于 2016.4.6 23:16
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草履虫

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发表于 2016.3.31 10:54:40 | 显示全部楼层
好好学习,天天向上
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迅猛龙

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发表于 2016.4.1 00:02:39 | 显示全部楼层
支持!!
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帝王蝶

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发表于 2016.4.10 12:39:54 | 显示全部楼层
很好的方法,
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钵水母

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发表于 2016.4.11 18:55:35 | 显示全部楼层
全部操作了一遍,谢谢LZ分享
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帝王蝶

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发表于 2016.4.14 13:46:32 | 显示全部楼层
有个问题,想请教一下,如果我有1000多万个核酸序列(reads,长度为100bp),我相比对个蛋白数据库,大概有3000个序列,想找出1000多万个reads中有多少个是属于这3000个中的序列,并对比对上的reads进行注释,这种计算量是不是特别大,还有就是一个reads可能同时比上多个蛋白序列,怎么优化选择?如果数据库是核酸数据库是不是就不存在这些问题?
另外,就是这种本地blast一般要比对多少序列的时候,普通的台式机就无法完成了?想知道一个大概的概念,非常感谢!
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帝王蝶

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发表于 2016.5.18 16:53:58 | 显示全部楼层
用Linux终端跑起来,一切妥妥的
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钵水母

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发表于 2016.5.19 19:27:53 | 显示全部楼层
比对出来的结果不止一条怎么办?
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草履虫

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发表于 2016.5.20 18:02:35 | 显示全部楼层
本帖最后由 轻年 于 2016.5.20 18:08 编辑

老师您好!有一个问题想要请教。
我按照您视频当中的步骤用一段序列建立数据库,然后从中截取20个碱基作为查询序列,然后使用blastn命令进行比对,但是得到的比对结果为没有匹配序列,请问这是什么情况?但是切换成tblastx命令比对的话就会有比对结果。
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功夫熊猫

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发表于 2016.5.23 13:23:18 来自手机 | 显示全部楼层
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