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如何在METLIN数据库中搜索代谢物?

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  • TA的每日心情

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    发表于 2017.6.9 11:04:16 | 显示全部楼层 |阅读模式
    最近十几年代谢组技术发展迅速,但数据库仍然是最大的制约因素之一,数据库的不全面导致了能够检测鉴定出来的物质数目不够丰富,特别是LC-MS,数据库更加不健全。而我们通常希望非靶向代谢组检测能够鉴定出我们感兴趣的几种十几种物质,那么我们可以搜索一下常用的代谢物数据库,做到心里有底啊。


    今天就给大家介绍一下如何在METLIN数据库中搜索感兴趣的物质,METLIN数据库与HMDB数据库都是最常用的代谢物数据库,一般在代谢组公司的定性中都会用到的。

    METLIN数据库(https://metlin.scripps.edu)是由美国斯克里普斯研究院开发的,是一个非常全面的质谱和二级质谱数据库,这些二级质谱数据是在多个QTOF质谱检测平台得到的,包括SCIEX、Agilent、Bruker、Waters,包括了在不同的碰撞能、正负离子模式下得到的二级谱图。

    METLIN数据库包含了961,829个物质,种类涵盖脂质、类固醇、植物代谢物、微生物代谢物、短肽、碳水化合物、外源药物/化合物、有毒物质等等。

    METLIN数据库可进行多种搜索,包括单个物质搜索、批量搜索、根据母离子、中性丢失、分子量、二级碎片离子等信息进行搜索,并提供丰富的物质信息,包括名称、结构、分子式、分子量、CAS号、KEGG ID和链接、HMDB ID和链接、PubChem ID和链接等等。
    下面我们就来看看如何在METLIN数据库里搜索我们感兴趣的物质。

    1.登录网址(http://metlin.scripps.edu/index.php),并注册(需要注册才能进去):



    2.点击“advanced search”后进入检索界面,右边列出了一些检索选项,不需要全部都填,填一个或几个都可以的。所以知道什么信息就填什么信息吧。



    3.例如,我想知道Methyl jasmonate(甲基茉莉酸)这个物质在METLIN数据库里有没有,就可以在“Name”这里输入英文名字。如果想要精确匹配,则可以勾选下面的“Name Exact Match”选项;如果对于想要查的物质的英文名不是太确定,就不用勾选这个选项,那么与这个名字相关的物质都会被搜出来。最后,点击下方的“search”,进行搜索。



    4.搜索结果:搜出来两个物质,分别给出了METLIN ID、分子量、英文名、分子式、CAS号、KEGG ID、MS/MS和分子结构信息。


    1)METLIN ID:点击进去,就会显示下面这些信息:


    2)KEGG:点击KEGG ID(C号),就可以跳转到KEGG官网,查看相应的信息。



    3)MS/MS:是该物质的二级碎片离子图谱和信息。METLIN给出了在不同的碰撞能(Collision Energy,CV)下的二级碎片离子图谱。如点击第二行Methyl jasmonate的MS/MS View进去后,能够看到给出了四种碰撞能下的二级谱图,谱图上面列出了质谱所使用的仪器、离子源和模式,下方列出了四种碰撞能,点击即可显示相应的二级谱图。在这个二级谱图上,鼠标移到信号峰上面,就会显示模式、碰撞能、质荷比、离子强度等的信息,如下面所示:



    我们点击“0V”查看相应的谱图,发现只有一个强度为100%的峰,这是因为0V表示没有进行二级碰撞,这个峰就是相应的母离子的峰,所以质荷比为225.148(M+H):



    点击10V、20V、和40V看看相应的谱图,发现碰撞能越高,得到的碎片离子越多越碎,大家可以对比下。

    然后,再试一个物质,看看METLIN数据中有没有丹参酚酸B这种物质。输入英文名称,结果显示数据库中并没有这个物质:



    Simple search模块:

    这个模块是根据分子量、PPM、检测模式、加合物等信息进行筛选的,如果我们有质谱数据,需要进行物质定性,那么可以使用这个模块。但是通常都会匹配出来多个物质(如下图),那么进一步就需要自己的专业知识去进行筛选和判断了。



    METLIN数据库还有其他的模块,如批量搜索、碎片搜索、中性丢失搜索、二级谱图搜索等,大家都可以去试试。

    好的,今天的METLIN数据库介绍就到这,希望对大家有用哈。


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