查看: 9317|回复: 46

第14期“基因表达量计算与差异表达分析(下)”【视频】

  [复制链接]
  • TA的每日心情
    好棒
    2018.11.26 11:41
  • 签到天数: 208 天

    连续签到: 1 天

    [LV.7]常住居民III

    管理员

    Rank: 15Rank: 15Rank: 15Rank: 15Rank: 15

    主题
    123
    奥币
    7763
    积分
    2967
    注册时间
    2015.11.12
    在线时间
    685 小时

    推广达人宣传达人论坛元老


    发表于 2016.3.9 14:39:16 | 显示全部楼层 |阅读模式
    第14期在线交流

    RNA-seq中的基因表达量计算和差异表达分析(下)


    交流时间:2016年3月16日下午4点-5点
    交流QQ群:425346734
    交流嘉宾:周老师


    在上周交流中,我们主要讨论了RNA-seq表达量计算的方法,我们主要讨论了两点内容:

    (1)表达量不同计算方法间的区别,也就是RPKM、FPKM、TPM的区别。
    (2)表达量不同校正方法的区别,主要分享了Deseq软件校正策略背后的逻辑(中位数校正),以及遇到问题数据的时候该如何处理。





    在下周(3月16日)的交流中,我们重点讨论后续的差异表达分析。

    交流主要内容涉及以下问题:

    (1)基础理论介绍
    通俗解释表达差异分析背后的基本原理。
    为什么在RNA-seq中没有生物学重复,也能实现差异分析的统计。

    (2)不同差异分析方法的比较
    有生物学重复和无生物学重复,背后的统计策略有何不同
    Deseq、cuffdiff等软件差异分析的原理是什么?
    为什么不同方法得到的P value值不同
    差异分析为什么输入的数据是reads counts,而不是RPKM值

    (3)不同方法的实际应用
    如果差异分析,结果不显著该怎么办?
    为什么方差分析不适合用于差异表达分析。

    备注:本次培训的背景知识包括:
    (1)序列比对——如何将read比对到参考基因组
    (2)Read在基因的表达量分配——多重比对的reads在可变剪切和基因家族间如何分配


    报名地址:http://ke.qq.com/course/120303#term_id=100132078




    PPT下载(在16日培训完成后最新更新):




    本帖子中包含更多资源

    您需要 登录 才可以下载或查看,没有帐号?立即注册

    x
    事在人为~
    回复

    使用道具 举报

  • TA的每日心情
    好棒
    2018.11.26 11:41
  • 签到天数: 208 天

    连续签到: 1 天

    [LV.7]常住居民III

    管理员

    Rank: 15Rank: 15Rank: 15Rank: 15Rank: 15

    主题
    123
    奥币
    7763
    积分
    2967
    注册时间
    2015.11.12
    在线时间
    685 小时

    推广达人宣传达人论坛元老


     楼主| 发表于 2016.3.9 14:52:36 | 显示全部楼层
    交流视频来了!!  拿走不谢~~

    http://www.omicshare.com/class/Home/Index/singlev?id=8
    事在人为~
    回复 支持 6 反对 0

    使用道具 举报

  • TA的每日心情
    好棒
    2018.11.26 11:41
  • 签到天数: 208 天

    连续签到: 1 天

    [LV.7]常住居民III

    管理员

    Rank: 15Rank: 15Rank: 15Rank: 15Rank: 15

    主题
    123
    奥币
    7763
    积分
    2967
    注册时间
    2015.11.12
    在线时间
    685 小时

    推广达人宣传达人论坛元老


     楼主| 发表于 2016.3.9 14:52:48 | 显示全部楼层

    本次在线交流问答整理如下:

    问1:在没有重复实验的情况下,用RPKM要怎么做检验呢?
    答:如果要用泊松分布做差异分析模型的话,必须要用reads count的。只有RPKM值的话,可以用RPKM的公式反推reads count数,再做检验。


    问2:Deseq是怎么控制reads多重比对的?
    答:Deseq只是一个差异分析的软件,多重比对的分配是在Deseq之前的。Deseq是输入的数据是已经分配好的reads count,然后用于分析,但是如果reads 多重比对要怎么处理的,那么要使用reads分配分析软件,例如cufflinks或Rsem软件。所以Deseq是不能处理多重比对的,应该之前用软件进行预处理。一般来说多重比对有两种方案:
    1)如果一个reads多重比对的话,可以把多重比对的reads删除掉,
    2)使用cufflinks 和 Rsem分配比对结果bam文件;
    如果不关心可变剪切的差异,策略1也是合理的。如果关心可变剪切,则建议策略2。

    问3:Deseq、edgeR和cuffdiff在处理多重比对reads的时候差别是什么?
    答:Deseq与edgeR只是一个差异分析的软件,就是类似于做方差分析的软件一样。但cufflinks是个软件包,从数据比对到reads count 到差异分析都全包了,所以如何处理多重比对的reads是与 Deseq或者edgeR是无关的。可以用cufflinks或者RSEM来做多重比对的处理,然后做差异分析,则可以继续选用 Cuffdiff 、Deseq或 edgeR。


    问4:用TMM标准化之后再用基于泊松分布的差异分析算法,计算差异基因靠谱吗?
    答:TMM标准化的确是独立的方法。既然有生物学重复就不建议用泊松分布模型。因为TMM是edgeR的归一化算法,建议后续的差异分析继续使用edgeR。泊松分布可以做差异分析,但是这个方法无法估算生物样本之间的个体差异。所以他最后是相当于低估了P值,统计结果是存在较大假阳性。


    问5:如果想比较环境对基因表达的差异,分别从两个地区各取三株样品,比较组间差异可以吗?
    答:可以。这个方法是可行的,但是有一点,目前我认为RNA-seq最大问题是如果只测三个生物学重复,对模式生物来说还是OK的,比如小鼠、拟南芥,他们个体差异很小。我们知道个体差异本来就是组内差异的一部分。所以对于模式生物来说一开始个体差异是非常小的。但是如果从两个区域取样的话,而且非模式生物学样本,例如林木、昆虫,可能个体差异会比较大,容易得到组间差异不显著的结论。所以想得到一些更稳定的指标的话,建议用混样作为生物学重复来做差异比较将会更加稳定。


    用混样作为样本的逻辑是这样的,比如在某个区域取到30个样本,然后把每10个样本混成一个池,比如前十个,中间十个,后面十个,构成三个样本池,这个时候其实这三个样本池还是不一样的。生物学重复本身就是假设是抽样,从一个大样本中抽样,来计算抽样误差多大,如果将个体作为重复的话,这种个体差异比较大,这样就导致抽样误差比较大。但是如果以群体作为样本的话,因为群体的均值更加稳定,得到样本间差异将更小,所以我们才会建议所有样本混合成若干池,这样减少抽样误差。

    查看完整问答整理戳这里下载:



    本帖子中包含更多资源

    您需要 登录 才可以下载或查看,没有帐号?立即注册

    x
    事在人为~
    回复 支持 1 反对 0

    使用道具 举报

  • TA的每日心情
    忙~
    2018.12.3 08:52
  • 签到天数: 656 天

    连续签到: 1 天

    [LV.9]以坛为家II

    迅猛龙

    Rank: 8Rank: 8

    主题
    0
    奥币
    2399
    积分
    1112
    注册时间
    2016.1.15
    在线时间
    249 小时

    活跃会员


    发表于 2016.3.10 08:51:11 | 显示全部楼层
    期待
    回复

    使用道具 举报

  • TA的每日心情

    2016.3.29 11:25
  • 签到天数: 45 天

    连续签到: 1 天

    [LV.5]常住居民I

    钵水母

    Rank: 3Rank: 3

    主题
    0
    奥币
    752
    积分
    69
    注册时间
    2015.12.8
    在线时间
    9 小时

    发表于 2016.3.10 09:59:57 | 显示全部楼层
    期待周老师的课~
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

  • TA的每日心情
    吃饭
    2018.5.4 14:25
  • 签到天数: 609 天

    连续签到: 1 天

    [LV.9]以坛为家II

    版主

    Rank: 10Rank: 10Rank: 10

    主题
    52
    奥币
    5990
    积分
    1270
    注册时间
    2016.1.8
    在线时间
    273 小时

    突出贡献优秀版主论坛元老


    发表于 2016.3.10 10:26:47 | 显示全部楼层
    又能够充电了,呵呵
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

  • TA的每日心情

    2016.8.8 09:06
  • 签到天数: 53 天

    连续签到: 1 天

    [LV.5]常住居民I

    帝王蝶

    Rank: 4

    主题
    13
    奥币
    1565
    积分
    492
    注册时间
    2016.1.14
    在线时间
    99 小时

    发表于 2016.3.10 10:42:11 | 显示全部楼层
    回复

    使用道具 举报

  • TA的每日心情
    害羞
    12 小时前
  • 签到天数: 391 天

    连续签到: 3 天

    [LV.9]以坛为家II

    中华鲟

    Rank: 5Rank: 5

    主题
    15
    奥币
    1590
    积分
    829
    注册时间
    2016.1.8
    在线时间
    202 小时

    发表于 2016.3.10 10:59:15 | 显示全部楼层
    回复

    使用道具 举报

  • TA的每日心情
    yes!
    6 天前
  • 签到天数: 173 天

    连续签到: 1 天

    [LV.7]常住居民III

    版主

    Rank: 10Rank: 10Rank: 10

    主题
    13
    奥币
    1132
    积分
    409
    注册时间
    2015.12.29
    在线时间
    85 小时

    发表于 2016.3.11 09:06:21 | 显示全部楼层
    期待视屏,需要反复理解学习,周老师的课
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

  • TA的每日心情

    2016.7.21 10:45
  • 签到天数: 10 天

    连续签到: 1 天

    [LV.3]偶尔看看II

    草履虫

    Rank: 2

    主题
    0
    奥币
    406
    积分
    27
    注册时间
    2016.1.8
    在线时间
    21 小时

    发表于 2016.3.11 10:10:43 | 显示全部楼层
    很期待
    回复

    使用道具 举报

  • TA的每日心情
    好棒
    2018.7.20 20:12
  • 签到天数: 116 天

    连续签到: 1 天

    [LV.6]常住居民II

    帝王蝶

    Rank: 4

    主题
    5
    奥币
    51
    积分
    290
    注册时间
    2016.1.6
    在线时间
    101 小时

    发表于 2016.3.11 11:35:57 | 显示全部楼层
    期待中~
    回复

    使用道具 举报

  • TA的每日心情

    2017.11.15 15:18
  • 签到天数: 94 天

    连续签到: 1 天

    [LV.6]常住居民II

    钵水母

    Rank: 3Rank: 3

    主题
    4
    奥币
    1609
    积分
    130
    注册时间
    2016.2.11
    在线时间
    58 小时

    发表于 2016.3.11 14:53:05 | 显示全部楼层
    本帖最后由 蓝海豚 于 2016.3.11 15:02 编辑

    我等的花儿都谢了
    我等的海儿都枯了
    你知道我会永远永远等你给我的回答
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

  • TA的每日心情
    害羞
    12 小时前
  • 签到天数: 391 天

    连续签到: 3 天

    [LV.9]以坛为家II

    中华鲟

    Rank: 5Rank: 5

    主题
    15
    奥币
    1590
    积分
    829
    注册时间
    2016.1.8
    在线时间
    202 小时

    发表于 2016.3.11 22:52:50 | 显示全部楼层
    回复

    使用道具 举报

    该用户从未签到

    草履虫

    Rank: 2

    主题
    0
    奥币
    379
    积分
    11
    注册时间
    2016.2.25
    在线时间
    3 小时

    发表于 2016.3.12 10:15:42 | 显示全部楼层
    期待中。。。
    回复

    使用道具 举报

  • TA的每日心情

    2016.4.27 15:42
  • 签到天数: 6 天

    连续签到: 1 天

    [LV.2]偶尔看看I

    钵水母

    Rank: 3Rank: 3

    主题
    0
    奥币
    389
    积分
    56
    注册时间
    2016.1.14
    在线时间
    4 小时

    发表于 2016.4.8 14:58:26 | 显示全部楼层
    解决了我一大难题啊
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

  • TA的每日心情

    2016.12.13 14:32
  • 签到天数: 8 天

    连续签到: 1 天

    [LV.3]偶尔看看II

    帝王蝶

    Rank: 4

    主题
    2
    奥币
    648
    积分
    401
    注册时间
    2016.4.10
    在线时间
    36 小时

    发表于 2016.4.10 14:04:29 | 显示全部楼层
    很棒的资料
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

  • TA的每日心情

    2018.3.9 10:16
  • 签到天数: 96 天

    连续签到: 1 天

    [LV.6]常住居民II

    超级版主

    Rank: 12Rank: 12Rank: 12

    主题
    18
    奥币
    2223
    积分
    1297
    注册时间
    2016.3.11
    在线时间
    162 小时

    突出贡献优秀版主荣誉管理


    发表于 2016.4.11 09:16:57 | 显示全部楼层
    回复

    使用道具 举报

  • TA的每日心情
    吃饭
    2018.4.13 09:13
  • 签到天数: 148 天

    连续签到: 1 天

    [LV.7]常住居民III

    中华鲟

    Rank: 5Rank: 5

    主题
    9
    奥币
    1300
    积分
    533
    注册时间
    2016.4.12
    在线时间
    51 小时

    发表于 2016.4.29 08:39:33 | 显示全部楼层
    学习不止
    回复

    使用道具 举报

  • TA的每日心情
    yes!
    2018.6.15 17:04
  • 签到天数: 18 天

    连续签到: 1 天

    [LV.4]偶尔看看III

    钵水母

    Rank: 3Rank: 3

    主题
    0
    奥币
    353
    积分
    63
    注册时间
    2016.5.5
    在线时间
    9 小时

    发表于 2016.5.13 21:53:59 | 显示全部楼层
    感谢分享
    回复

    使用道具 举报

  • TA的每日心情

    2016.7.7 23:10
  • 签到天数: 24 天

    连续签到: 1 天

    [LV.4]偶尔看看III

    帝王蝶

    Rank: 4

    主题
    12
    奥币
    978
    积分
    460
    注册时间
    2016.5.22
    在线时间
    78 小时

    发表于 2016.5.22 21:27:59 | 显示全部楼层
    有录播 吗
    回复

    使用道具 举报

    您需要登录后才可以回帖 登录 | 立即注册

    本版积分规则

    快速回复 返回顶部 返回列表