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第2期“命令行版Blast2GO的安装使用与演示”【视...

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    发表于 2016.1.26 11:10:08 | 显示全部楼层 |阅读模式
    第2期在线交流“Blast2GO的安装使用与演示”

    基迪奥倾情打造“在线交流”栏目,我们将定期邀请重量级嘉宾在QQ群(群号:67185986)与大家交流高通量测序相关问题。第二期我们将邀请2位生物信息分析专家与大家互动交流“Blast2GO”相关问题,解答大家的疑问。




    Blast2GO是生物信息学常用工具,是一个非常好用的序列注释和分析工具,正被越来越多的科研工作者使用。

    比如近来热门的转录组测序研究,转录组数据往往是一些基因信息未知的物种,那么很多基因功能的研究,都需要我们根据一些已知数据库信息来判断。所以很多科研人员开始尝试用Blast2GO来独立完成一些序列比对、GO注释的工作。
    在网络上有关Blast2GO安装使用的教程很多,但无一例外的都是冰冷的文字、命令语言等等。很多网友反应看完教程,“还是不会使用Blast2GO”。

    为此,基迪奥特邀资深生物信息分析工程师来跟大家在线交流Blast2GO的问题。嘉宾将图文并茂的与网友细致讨论Blast2GO的安装使用,并且嘉宾将现场演示如何安装、下载数据库、GO注释等等步骤。

    大家可以留言说出你想了解的热点、难题,嘉宾会一一解答哦!
    交流时间:2015年6月17日(周三)下午4:00-5:30
    交流地点:基迪奥生物信息交流群,群号425346734
    交流嘉宾:基迪奥系统部主管 罗玥


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    发表于 2016.8.22 14:33:50 | 显示全部楼层
    本帖最后由 基迪奥_罗玥 于 2016.11.1 16:51 编辑

    官网有提供旧版的blast2go 2,目前已停止更新,最后一个版本为v2.8。2.8版的主程序无法下载到本地保存了,必须通过网络启动。相比3.x版的好处是完全不需要注册账号(免费,无试用期限制),但同样可以使用本地化的blast2go database。
    https://www.blast2go.com/start-blast2go-2-8

    另外这里有一个可下载的版本,v2.5。虽然软件版本比较老,但同样可以使用本地化的数据库。适合没有网络或不希望建立网络连接的环境,并且支持纯命令行。
    http://www.blast2go.com/data/blast2go/b2g4pipe_v2.5.zip

    补充2.5的使用方法,和2.3.5不太一样:
    b2gPipe.properties的修改就不多说了,基本上和2.3.5是一样的。

    1. 默认的使用方法
    首先,cd 到 blast2go.jar 所在的目录(*确保 ext 文件夹在也在这个目录下)。再使用以下命令:
    java -cp *:ext/*: es.blast2go.prog.B2GAnnotPipe -in <input.xml> -out <outputdir/output-prefix> -prop b2gPipe.properties -v -annot -dat -img -ips ipsr -annex -goslim

    2. 绝对路径法,前提是目录结构不变
    注意:<path-to-jar> 为blast2go.jar所在的绝对路径
    java -cp <path-to-jar>/*:<path-to-jar>/ext/*: es.blast2go.prog.B2GAnnotPipe -in <input.xml> -out <outputdir/output-prefix> -prop <path-to-jar>/b2gPipe.properties -v -annot -dat -img -ips ipsr -annex -goslim
    是的,看着不怎么优雅,建议写个shell,把路径存到一个变量里;windows则是写bat。


    最后关于结果输出,output-dir可以是绝对路径,但文件夹似乎要事先创建好。output-prefix是所有输出文件的前缀。
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     楼主| 发表于 2016.1.26 11:13:29 | 显示全部楼层
    本次在线交流主要内容在此下载:

    Blast2GO安装与演示视频观看:

    http://www.omicshare.com/class/Home/Index/singlev?id=1





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    不错不错
    我说今晚月光那么美,你说不是的
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  • TA的每日心情

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    发表于 2016.5.4 10:53:10 | 显示全部楼层
    小圆,能否个我视频里面老师提供的脚本等附件啊?视频里说在qq群里共享了,我估计是qq1群啊,对于2群的孩子没有这福利啊?谢啦
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  • TA的每日心情

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    发表于 2016.5.22 21:03:05 来自手机 | 显示全部楼层
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    发表于 2016.6.3 00:26:57 | 显示全部楼层
    very nice!!!
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    发表于 2016.6.7 12:02:35 | 显示全部楼层
    感谢万能的群
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  • TA的每日心情
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    发表于 2016.6.8 16:40:31 | 显示全部楼层
    这个好 非常实用!
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  • TA的每日心情
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    发表于 2016.6.12 10:05:49 | 显示全部楼层
    很有帮助,赞攒
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  • TA的每日心情

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    发表于 2016.6.26 11:29:26 | 显示全部楼层
    很有用!
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