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楼主: johnlcd

[转录组] 转录组组装新方法 - HISAT, StringTie and Ballgown

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钵水母

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发表于 2017.3.16 13:12:56 | 显示全部楼层

@ 基迪奥-周煌凯
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钵水母

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发表于 2017.3.16 13:14:40 | 显示全部楼层
9、过滤低表达基因。
>bg_chrX_filt = subset(bg_chrX,"rowVars(texpr(bg_chrX)) >1",genomesubset=TRUE)

  另外,这个是参照哪里的过滤标准呢?@johnlcd @ 基迪奥-周煌凯
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草履虫

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发表于 2017.3.22 13:59:20 | 显示全部楼层
楼主太棒了
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发表于 2017.3.30 13:49:33 | 显示全部楼层
看看。。。。。。。。。
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草履虫

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发表于 2017.4.14 18:48:18 | 显示全部楼层
hisat应用之前,提取已知剪切位点和已知外显子,这一步可以只提供一个文件不?
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钵水母

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发表于 2017.4.14 20:30:40 | 显示全部楼层
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帝王蝶

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发表于 2017.7.27 15:19:22 | 显示全部楼层
请问楼主,ballgown分析完差异基因后,p值最小为1e-6,q值最小为0.06,得到的差异基因寥寥无几,用deseq2和edgeR计算可以得到logFC>1且fdr<0.05的基因1000多个,请问一下这是什么情况?
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钵水母

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发表于 2017.9.6 17:12:44 | 显示全部楼层
请问,ballgown没有指定控制组和处理组啊,怎样知道是针对控制组上调还是下调。算差异表达的时候也是一条染色体一条染色体的算吗?
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中华鲟

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发表于 2017.9.11 09:45:50 | 显示全部楼层
赞。。。学习了
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草履虫

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发表于 2017.11.14 11:06:51 | 显示全部楼层
楼主,想问个问题。
我用stringtie跑完了之后,用的有参考的gtf,但是找出来的转录本的起始位置和我给的参考gtf是一样的。理论上组装出来的转录本不应该是会比参考gtf要前后都要多出来一小段嘛?对这个问题我纠结了好久了。想问问,是我没有找到stringtie的精髓嘛?
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钵水母

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发表于 2017.11.16 09:50:33 | 显示全部楼层
geuvadis_phenodata.csv 文件截图在这里,这是文章中下载的

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钵水母

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发表于 2018.1.25 16:41:50 | 显示全部楼层
johnlcd 发表于 2016.9.27 11:28
附上软件链接:
HISAT2:http://ccb.jhu.edu/software/hisat2/index.shtml
StringTie:http://ccb.jhu.edu/ ...

楼主,为什么我在安装RSkittleBrewer包的时候一直报错,package ‘RSkittleBrewer’ is not available (for R version 3.3.2) ,其他的包都可以正常安装,就这个包,换了中科大和清华的镜像还是不行
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中华鲟

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发表于 2018.1.31 00:26:28 | 显示全部楼层
很厉害
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钵水母

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发表于 2018.2.1 09:51:09 | 显示全部楼层
之前还是在用tophat在比对,看来得升级一下了
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