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标题: IGV中如何同时显示正负链的比对结果 [打印本页]

作者: zlbiochem    时间: 2016.4.10 17:49
标题: IGV中如何同时显示正负链的比对结果
我在用IGV进行可视化的时候,导入bam后每个样品只能显示一条链的信息,如何能让一个样品的正负链同时显示出来呢?谢谢!
作者: 基迪奥-周煌凯    时间: 2016.4.11 02:05
bam文件导入后,
(1)右键点击界面最左边得到图标,然后“group alignment by” → “first in paired strand”
(2) 然后 “color alignment by ” →  “first in paired strand” [attach]1214[/attach]

效果图如下:
[attach]1215[/attach]

by the way, TDF文件 如果使用IGV转化 无法按照链特异显示。你必须用其他软件,例如 genomeview的1个插件 来 将sam/bam转化为TDF,然后可以使用 genomeview 按照链特异显示。



作者: zlbiochem    时间: 2016.4.11 09:14
多谢周师傅!还有个问题,我看有的人是导入的bed文件在IGV中进行可视化,他每个样品的bed文件分为正链和负链2个,请问一下如何得到这样的bed文件呢?是从一个bam里面分开的,还是有什么其他方法?谢谢!
作者: 基迪奥-周煌凯    时间: 2016.4.11 16:11
zlbiochem 发表于 2016.4.11 09:14
多谢周师傅!还有个问题,我看有的人是导入的bed文件在IGV中进行可视化,他每个样品的bed文件分为正链和负 ...

如果区分正负链,建议使用 IGV格式(是文件格式,不是软件)。 IGV官方网站有这个格式的说明,这个文件上为负值的部分,自然被显示为负链。
作者: doctor125    时间: 2016.4.11 16:52
不错不错,学习了
作者: 朱强龙    时间: 2016.4.12 08:42
路过,随便学习一下
作者: yulin    时间: 2016.4.12 15:08
周老师的回答还精辟啊
作者: xndless    时间: 2017.2.10 09:20
基迪奥-周煌凯 发表于 2016.4.11 02:05
bam文件导入后,
(1)右键点击界面最左边得到图标,然后“group alignment by” → “first in paired stran ...

请问老师,对IGV的版本有要求吗?我的为啥没看到相关选项呢?




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