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标题: 关于同一物种不同发育阶段的SNP分析问题 [打印本页]

作者: 开挂    时间: 2016.4.8 10:17
标题: 关于同一物种不同发育阶段的SNP分析问题
     同一物种,两个不同发育阶段的SNP数目不同、涉及的unigenes也不同,请问对其中发生了非同义突变的这些unigenes进行GO、KEGG富集分析有意义么?能说明什么问题?
作者: 基迪奥-周煌凯    时间: 2016.4.8 12:36
这里的SNP,是没有意义的。
因为你的关心的问题是实验处理对个体的影响。而实验处理只会影响基因的表达,而不会让DNA发生变异。
这里的SNP来源于个体本身的遗传背景差异(随机的),和实验处理无关。
作者: 开挂    时间: 2016.4.8 14:55
基迪奥-周煌凯 发表于 2016.4.8 12:36
这里的SNP,是没有意义的。
因为你的关心的问题是实验处理对个体的影响。而实验处理只会影响基因的表达,而 ...

(⊙o⊙)额
周老师,那如果我把两组中所有涉及氨基酸突变的SNP放在一起分析呢?
后面能说是由于环境压力选择导致某类基因的变异增多么?
哎,在写毕业论文,感觉内容不够,想找点东西凑凑....
作者: yuzhe891    时间: 2016.4.8 16:13
你的意思是,一个人今天受到阳光沐浴,就突变了一点,明天受到雨露沐浴,又突变了一点。一个人活着真不容易,没准哪天就突变成隔壁老王了,啥也说不清楚了···
作者: qinyuan    时间: 2016.4.8 16:47
SNP数目也会随着发育阶段而改变呀?
作者: 开挂    时间: 2016.4.8 17:03
yuzhe891 发表于 2016.4.8 16:13
你的意思是,一个人今天受到阳光沐浴,就突变了一点,明天受到雨露沐浴,又突变了一点。一个人活着真不容易 ...

提取的RNA是一批个体,而不是一个个体啊
作者: 开挂    时间: 2016.4.8 17:05
yuzhe891 发表于 2016.4.8 16:13
你的意思是,一个人今天受到阳光沐浴,就突变了一点,明天受到雨露沐浴,又突变了一点。一个人活着真不容易 ...

http://xueshu.baidu.com/s?wd=pap ... 498047&ie=utf-8
作者: yuzhe891    时间: 2016.4.8 18:07
开挂 发表于 2016.4.8 17:03
提取的RNA是一批个体,而不是一个个体啊

你哥和你,谁沐浴成隔壁老王,你父母都不干啊!
作者: yuzhe891    时间: 2016.4.8 18:27
开挂 发表于 2016.4.8 17:05
http://xueshu.baidu.com/s?wd=paperuri%3A%28c85264344c539e5cc44c2e4c615dda1b%29&filter=sc_long_sign ...

plos one的水,估计现在也不能这么灌了。
哥们你应该是RNAseq中毒太深了吧。
首先,RNA水平的SNP,虽然从理论上来讲,call call无伤大雅,但是大牛们可都不太认可啊,RNA水平的SNP一般基本不再往下深究了,否则打自己脸了。
其次,文章里的那些比较,都是基于他们由于转录本不同导致的SNP的检出差别,数目啊基因啊不一样和SNP基本上半毛钱关系木有。
最后,想凑啥就凑啥吧,祝你顺利毕业!

作者: 基迪奥-周煌凯    时间: 2016.4.8 23:36
yuzhe891 发表于 2016.4.8 18:27
plos one的水,估计现在也不能这么灌了。
哥们你应该是RNAseq中毒太深了吧。
首先,RNA水平的SNP,虽然从 ...

的确,RNA-seq call SNP的假阳性率非常高,所以发毕业论文凑个篇幅还好,发SCI就不靠谱了。关键是call SNP无法解释,你想说明什么问题? 选择压力?那还是算了。实验处理不会在短期内产生 如此多变异。
作者: doctor125    时间: 2016.4.9 17:24
一般不建议通过RNA-seq数据找SNV,特别是不同发育时期的这种,突变不会在短时期能就形成的,这种纯粹是为了充数
作者: 开挂    时间: 2016.4.11 10:31
yuzhe891 发表于 2016.4.8 18:07
你哥和你,谁沐浴成隔壁老王,你父母都不干啊!

你妹哦,有才华也不能这么说话任性啊!
作者: 开挂    时间: 2016.4.11 10:31
yuzhe891 发表于 2016.4.8 18:27
plos one的水,估计现在也不能这么灌了。
哥们你应该是RNAseq中毒太深了吧。
首先,RNA水平的SNP,虽然从 ...

意思我懂了,多谢!
作者: 开挂    时间: 2016.4.11 10:33
基迪奥-周煌凯 发表于 2016.4.8 23:36
的确,RNA-seq call SNP的假阳性率非常高,所以发毕业论文凑个篇幅还好,发SCI就不靠谱了。关键是call SN ...

还是周老师说话文雅!!
作者: yuzhe891    时间: 2016.4.11 11:05
开挂 发表于 2016.4.11 10:31
你妹哦,有才华也不能这么说话任性啊!

嗯嗯,我公开承认错误!
作者: 基迪奥-周煌凯    时间: 2016.4.11 11:58
yuzhe891 发表于 2016.4.11 11:05
嗯嗯,我公开承认错误!

大家都是为了学习进步嘛,偶尔有思想碰撞比较激动也是可以理解的。都多多包涵
作者: 开挂    时间: 2016.4.11 20:02
yuzhe891 发表于 2016.4.11 11:05
嗯嗯,我公开承认错误!

言重了...
作者: yulin    时间: 2016.4.12 15:09
好贴,必须好好学习,长见识了,这么高大上的知识点不能错过
作者: xiaomaguohebjfu    时间: 2016.4.12 20:59
相互交流,大家共同进步
作者: 皖城小西    时间: 2016.4.23 16:12
这个知识点学到了! 好贴。
作者: sailor2016    时间: 2016.4.24 19:38
学习了~




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